但很快明山东都指挥使：盛庸，就命令军队仓促列阵，却被燕武亲王：朱棣，本人亲率的精锐骑兵冲击之下迅速溃散，南岸明军几乎全军覆没，使得明山东都指挥使再次单骑逃脱。

而镇江府首府丹徒县（镇江卫）守军们，在看到长江之上水师舰船尽数投降燕军之后，心胆俱裂，说了一句“海舟皆已降，吾何能力？”

6月初6日，明镇江卫指挥使：童俊，也只得开城投降，因此镇江府首府丹徒县（镇江卫）也失守了。

6月初8日，燕军驻军龙潭巡检使司，而应天府南京皇城已近在眼前。

6月11日，燕军前锋成功直逼应天府南京皇城而来，明谷宣亲王：朱橞，与明曹国公：李景隆，得知消息后被迫打开金川门投降，至此皇城彻底沦陷。

而此刻燕武亲王本打算直奔皇城奉天殿去的，但却被群臣们给拦住了，表示直接进去会遇到明惠宗建文帝：朱允炆，不如先去太庙祭祖。

于是6月13日，燕军才从金川门进入南京，而明惠宗则在皇宫奉天殿内自焚殉国？

待明燕武亲王：朱棣，进入皇宫之后，看见宫中燃起熊熊大火，宫女与宦官们四处奔跑，放眼望去整个皇宫无一人敢抵抗，而明惠宗则下落不明？

周围各地方上的承宣布政使司衙门，几乎没有任何官员敢站出来反对，因此在这种情况下，明燕武亲王开始放心大胆的坐在龙位上宣告，废除〈建文四年〉年号，改为〈洪武三十五年〉，并表示自己是继承了，父皇明太祖吴王洪武高皇帝的帝位。

而不是侄子明惠宗建文让皇帝的帝位，并把明惠宗的二皇子：朱文圭，关在广安宫内。

至此想要登基的明燕武亲王就让明翰林院文学博士：方孝孺，帮忙起草即位诏书，但他却悲切哀恸的扑倒在地，还放声哭泣，声响传遍奉天殿大殿的台上台下。

明燕武亲王走下卧榻台阶，慰问他说“先生不要自取忧苦，孤王只是打算仿效周公辅佐成王之意。”

谁知明翰林院文学博士听后，却问道“周成王在哪里？”

明燕武亲王道“他自焚而死！”

但明翰林院文学博士就问道“那为何不立成王之子？”

然而明燕武亲王则回答道“朝廷有赖于成年的君王。”

接着明翰林院文学博士就开口道“那为何不立成王的弟弟？”

却没料到明燕武亲王立马答道“这是我们朱家的事，先生未免管的太多了吧？”

刚说完就回头示意，让左右侍者授予明翰林院文学博士纸笔，并说道“诏示天下，非得由先生您来亲自起草不可。”

不成想明翰林院文学博士直接把笔扔到地上，边哭边骂道“死就死吧！此等诏书老夫绝不能起草。”

此举直接激怒了明燕武亲王，还大骂他谋权篡位，因此当即下令将明翰林院文学博士推出去宣武门外车裂于菜市口，还让镇抚司锦衣卫队去抓捕方家族人斩首。

7月17日，在朝中内外无人反对的情况下，明燕武亲王开始在奉天殿内登基加冕，又去太庙祭祀天地并且称帝，改次年年号为〈永乐〉，史称「明太宗」。

他还下令大力搜索明兵部尚书：齐泰、明翰林院大学士：黄子澄，等建文朝臣五十余人，还废除了建文年间所改的一切太祖皇帝制定的成法和官制，以表明其起兵目的在于恢复祖训。

明永乐元年公元1403年，明太宗燕武亲王：朱棣，下令安抚被明惠宗削藩以及受靖难之役影响的藩王们，以稳定国内局势，还表示自己和皇侄子明惠宗不同。

先后恢复了明周定亲王：朱橚、明代简亲王：朱桂、明岷庄亲王：朱楩，等诸亲王旧封。

其中明惠宗的皇三弟明吴悼亲王：朱允熥、皇四弟明衡憨亲王：朱允熞、皇五弟明徐简亲王：朱允熙，三人尚未就藩就被明太宗给降封为郡王！

分别是（明广泽郡王：朱允熥、明怀恩郡王：朱允熞、明敷惠郡王：朱允熙）并以不能匡正明惠宗为由，废除三位郡王为庶人，还软禁了明广泽郡王与明怀恩郡王两人，于中都留守司凤阳行都督府英武卫内，仅留明敷惠郡王一人独自奉祀明懿文皇太子（明兴宗康皇帝）：朱标，的灵位。