随后明山西都指挥使：徐凯，则屯兵在北平承宣布政使司河间府沧州，三方互为掎角。

燕军首先袭击河间府沧州，擒获明山西都指挥使，又夺其山东承宣布政使司兖州府济宁州（济宁卫）辎重，因此明山东都指挥使：盛庸，立即率军驻扎在东昌府首府聊城县（东昌卫、平山卫）进行拦击背城列阵。

随后燕武亲王：朱棣，率领铁骑直逼山东明军的左翼，但山东明军变换阵形临危不惧。

接着燕军又冲其中军，明山东都指挥使很自信的张开队列放燕军进来，再用兵收拢层层包围，使得燕军中军主将：张玉、燕军北平都指挥佥事：朱能，率领兀良哈朵颜三卫骑兵来救，与明燕武亲王会合拼死突围而出。

但燕军中军主将却不知燕亲王殿下已被救出，仍在阵中冲杀，最终力竭被山东明军长矛队包围，刺落下马而死，时年58岁！

此举也导致燕军大败，许多燕军被明军火器所伤，只有燕武亲王以数百名骑兵殿后，才能安然退至山东承宣布政使司东昌府馆陶县，可依旧被明山东都指挥使传令明安陆侯：吴杰、明北平行都指挥使：平安，从北平承宣布政使司真定府抄近路拦截燕军归路。

然而待得胜捷报回去朝廷之时，却遭到了明惠宗建文帝：朱允炆，的反感与大怒，因为之前自己下令削藩，已经逼死了一个十二皇叔明湘献亲王：朱柏，眼下要是在害死四皇叔燕武亲王：朱棣，的话。

那么自己就是千古罪人了！

故此他下了一道诏令去前线，让围剿燕军的明军们都有些懵圈？他的一道圣旨“朕要见到活的叔父，押来帝都应天府。”

因此才使得燕武亲王逃过了多次被围困的劫难，正是明惠宗的这种妇人之仁，最终将朝廷推向了深渊。

在明建文三年公元1401年正月11日，由于明军不敢过多围攻燕军，才让燕军得以喘息过来，结果朝廷经过兵部商议后，不得不重新启用明兵部左侍郎：齐泰、明翰林院大学士：黄澄，两人官复原职留朝参政。

紧跟着明安陆侯、明北平行都指挥使两人在北平承宣布政使司真定府深州之战中失利，燕军才得以返回。

在这次战役中燕军精锐几乎丧失殆尽，幸亏明山东都指挥使及时赶到，打退燕军声威大振，故而明惠宗亲自为此祭庙告捷。

3月初1日，燕军又南出保定府，明山东都指挥使则扎营在真定府武邑县北边的夹河边上，被燕武亲王轻率骑兵来探，掠阵而过偷袭侧营，气得明山东都指挥使立刻派遣千名骑兵追击，却反被燕军射箭击退。

待双方交战过后，明山东都指挥使军持盾而进，燕武亲王则命步兵先攻，骑兵则乘机迅速推进，明山东都指挥使大怒亲率军力战，斩其燕军燕山前卫指挥同知：谭渊。

而燕军左军都指挥使：朱能、燕军大兴左卫指挥同知：张武，等部将也率部殊死战斗，燕武亲王则以轻骑穿越阵地，与燕军左军都指挥使会合。

这使得明山东都指挥使的援军明山西行都指挥使：庄得、明河南都指挥使：皂旗张，等将领战死，但是燕军在这一天内，也死伤惨重几乎大败。

第二天再战，燕军在东北，明山东都指挥使在西南，从早晨战至下午双方互有胜负，待两军都已疲惫之时，将士们都各自坐下来休息。

随后又开始交战，忽然东北风大起，飞尘遮蔽天空，燕军乘风大喊左右横击，打得明山东都指挥使大败逃回山东承宣布政使司德州（德州卫）从此气沮不已，只能北上防御燕军。

而燕军山东都指挥佥事：李远，则在沛县焚毁明军运粮船只，使得明军缺乏粮饷不敢轻易出兵。

这使得燕军才能继续组织军队大规模南下，先败明山东都指挥使于河间府与保定府之间的滹沱河，再败明安陆侯于真定府晋州藁城县，因此朝廷震怒直接让明兵部左侍郎在外募师勤王。

当时燕武亲王虽多胜，但也损失颇重，而朝廷军源颇广不必担心，燕军在北平承宣布政使司、山东承宣布政使司一带所攻下来的城邑，等军撤回后，又被朝廷军队所占据。

5月10日，朝廷辽东明军又南下围攻永平府地区，结果被燕军永平卫指挥佥事：吴兴旺、燕军永清右卫指挥使：谷祥，将其击败。

当时驻守永平府首府卢龙县嵩林庄、高家庄的燕军，与辽东军对垒八十天，以燕军开平卫百户：陈华，阵亡于良儿庄而继续推进。

11月初3日，明辽东总镇总兵：杨文，进攻抚宁县，结果被燕军反扑大败！是月在燕亲王府内评论战守永平府的功绩，所有军士官升一级。

12月20日，在京畿应天府皇城有内，明惠宗采纳明翰林院文学博士：方孝孺，的意见，决定采用反间计去离间燕武亲王父子，直接致书信给燕武亲王世子：朱高炽，答应如果他背叛父亲，便封他为〈燕王〉。