隆庆朝的内阁有九名大学士，分别是徐阶、李春芳、高拱、郭朴、陈以勤、张居正、殷士儋、赵贞吉、高仪。

其中最重要的是徐阶、高拱、张居正三人，三人皆有才干，但互相倾轧。

隆庆之初，徐阶与高拱争权，徐阶利用言官的声势迫使高拱及其同党郭朴去位。但徐阶因为劝谏朱载坖而得罪过不少宦官，张居正亦与高拱联手，串通宦官李芳，迫使徐阶去位，以李春芳为内阁首辅。

朱载坖将朝政交给阁臣，自己深居宫中，纵情声色，即使出宫也有游玩，为了满足他的欲望，他不断向国库提取巨额银两以供御用，当时江南经过倭寇之乱，十分疲敝，工部陈述这一状况，强调江南人民是“陛下所宜怜也”。

朱载坖充耳不闻。工部又请求按“原发花样令其督造”，不要增加“续发花样”，朱载坖强调“朕用不可缺”，让李佑继续“遵旨织造”。

朱载坖登基后还沉湎女色。本来他在裕王府时谨小慎微，“姬御甚稀”，即位就“掖廷充斥”。

朱载坖即位两年半，就封了十三名妃子，嫔以下的临幸女子更是不计其数。他每次增选宫人，都在三百人左右，年岁在十一至十六岁之间的民间女子。

隆庆朝期间改革人事，整顿吏治，宠幸宦官，不过，终隆庆一朝，得宠宦官如滕祥、崔敏、李祜、陈洪、孟冲等人终究还是以争饰奇巧淫技，代帝聚敛为主，即使受命监管团营的吕用、高相等人，也未实际攫得军政大权，尚未出现类似王振、汪直、曹吉祥、刘瑾这样已能左右国政的权奸。

朱载坖进行清丈土地和试行一条-鞭-法早在嘉靖初年即由一些地方官在局部地区进行过，隆庆时期在此一基础上又取得过较为明显的阶段性成果。

隆庆时期，曾较大规模地开河修水利，这主要由于两个目的：一为缓解多年为患的水灾；二为解决南粮北运的严重堵塞问题。在缓解水灾方面，当以海瑞任应天巡抚时，大力修浚吴淞江、白茆河，引水入海的工程为最重要，且他将赈饥与修水利相结合，亦对稳定东南地区社会秩序有良好效果。

恢复海运，海外贸易，贵州土司安国亨因淫虐仇杀引起动乱，贵州巡抚王诤调总兵安大朝讨伐安国亨，反被击败。朱载坖在高拱的建议下及时改任巡抚阮文中，贯彻了祖训“不可因恶累善”“惠威并行”“抚之以安静，待之以诚意，谕之以道理”的原则，使事态迅速归于平静。

在即位后日益放纵的情况下，朱载坖的身体也每况愈下，于隆庆六年，朱载坖得病且手腕上有热疮，朱载坖又命太监让高拱守在宫中不要离开，高拱拉上张居正一起留下，五月二十二日，朱载坖病情加重。

为此，曾在江南地区引发过一场“拉郎配”的风潮。

二十五日下午，朱载坖病危，传阁臣高拱、张居正、高仪进乾清宫，领受顾命，辅佐年幼的太子朱翊钧。

此时朱载坖已不省人事，第二天卯时就驾崩于乾清宫。

七月初三日，群臣上谥号契天隆道渊懿宽仁显文光武纯德弘孝庄皇帝，庙号穆宗。九月葬于明昭陵。

朱棣此时在徐秒云边说边记录在一道圣旨之上，当朱棣发现说道朱载坖死后，就让她接着说下一任皇帝的奇葩一生。

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