最后是整个改革中的重中之重，也是最为复杂的政府机构。

天政府和太政府。

这是仿照汉代内外朝所建立的一套行政机构。

所谓天政府就是宫廷的“内朝”，太政府就是朝廷的“外朝”。

前面提到的怯薛军就直属于天政府，怯薛军暂时由八千步兵、两千骑兵还有六千炮兵这一万六千名精挑细选的士兵组成。其结构与一般的万户军相同，只不过其中士兵都由过去的部族武士担任，战力惊人。作战时怯薛军一般在国内守御，或者扫荡一些没有城堡和要塞的敌方城市。以防止将军在外不受控制或国内动乱。

天政府由两部分组成，一部分是所谓的精神体系，也就是马儒教团，另一部分属于世俗体系，称作内阁。马儒教团的创始人是马合木达克，领袖是每一任喀山哈里发。

在未来，没人知道马儒教团倒底有多少成员，只知道如果在喀山国，一个人不是马儒教团的成员，那么这个人难以在朝廷中得到足够的信任。

马儒教团高层的集会场地是喀山的英灵殿，英灵殿是一个带有广场的大清真寺，里面不允许一般人甚至一般教团成员进入，只有经过喀山哈里发认可的人才有资格进入其内一窥究竟。

英灵殿分为三层，最上层是一个小的空房间，象征着阿拉。

第二层是马合木达克之前的先知与领袖。最显眼位置放着两个牌位，一个写作伏羲，另一个写作女娲。再下是少典的世系，少典世结束后，直接就到了轩辕黄帝世系。

根据《国语?晋书》的推算，炎帝出现的时间比亚当还早，而且蒙古人祖先出自东胡，并非炎帝后代，所以在马合木达克与李书源的商讨下，没有将炎帝列入英灵殿内，而是选择将炎帝的故事偷偷隐去了。

在马儒教团的世界观中，首任黄帝与诺厄（即新旧约中建造方舟的挪亚的父亲拉麦是同时期的人（实际首任黄帝与首任炎帝是同时期的人物。

在连续的排位之外，供奉着六个不属于蒙古人历史的人物，一个是尔撒（即新旧约中的耶稣，另外五个则是穆罕默德和他的四个哈里发弟子。