军事方面，其军事制度大多沿用蒙古帝国时期的架构。

即，由十人组成一个什部，由一名十户官带领；十个十户组成一个百户军，由一名百户带领；十个百户组成一个千户军；由千户带领。千户军是战场中最小的作战单位，蒙古语中称千户为“那颜”，所有的指挥和调动都由各个“那颜”来实现。

在过去，那颜与万户都由部族里的武士来担任，这种制度就是斡耳朵制度。

所谓斡耳朵制度，就相当于一个金字塔的模型，大可汗的斡耳朵就是各地汗国的大汗，各地汗国的大汗也有自己的斡耳朵，那就是自己的儿子和兄弟，也就是部族的领袖，他们大多数是万户。大汗的儿子和兄弟们当然也有自己的斡耳朵，那就是各个那颜，也就是千户。

兀鲁?马黑麻时期，这种情况被初步的削弱，全国的万户不再在地方上管理自己的城镇，而是在开天县，也就是中央，遥控自己的领地，食取封邑。且在兀鲁?马黑麻时期，各地的万户与千户被统一编为了怯薛军。从说法上来讲，各地部族所收受的俸禄名义上是怯薛军的工资。

等到马合木达克时期，贵族的分封被进一步的削弱，各个万户与旗下各个千户的交流都只能靠书信来完成，随着科举的逐步推进，各地的知县完全取代了万户在地方上的地位。万户完全成为了拿着国家俸禄的一种武官，也就是怯薛军的武士。

斡耳朵制度理论上仍然存在，比如在怯薛军中，千户百户仍然完全听命于自己的宗主，但这种制度不再有过去那种很高的自治度了。

怯薛军成为了保卫大汗自己的最后屏障，现在，怯薛军被编入精神体系之中，不受太武府管辖，与大汗共存亡。

在经过十数年的征战后，不要说自治度，现在怯薛军的千户万户们都巴不得继续在军中任职，让自己的小日子过得更舒坦一些。一个是因为当年那批有野心的老万户早就死光了，二来也是不用自己费心劳力就可以吃好喝好的感觉那真太爽了。

有对过去制度的沿用，自然也有创新，与之前相比，军事科技的提升是军事制度改革的重要原因。

伊尔哈木在步兵和骑兵的组织中增加了一个排卅的单位，也就是由三个十户组成的作战单位。这是为了追求火枪火力最大化开发的作战方式。

在与波兰骑兵对战的过程中，伊尔哈木发现，火绳枪固然威力巨大，但是一同发射并不能达到火力的最大输出，往往多个士兵都会将火力集中到跑得最快的那个骑兵身上。

在战场上，这样对单个骑兵的过量伤害是十分致命的，因为后续的骑兵便会冲进射手方阵中。在初次改革后，射手虽然都配有驮马，但驮马往往矮小不灵活，不能速跑，此时，射手方阵便会遭受重大打击。

伊尔哈木让射手以排卅为一排，每排三十人，第一排四十人（算上百户自己的本部人马，轮番射击，以求火力在单位面积下铺开。而且各个排在射击时还有其它排进行掩护。

再说回中央军事制度，既然斡耳朵制度名存实亡，新的军事制度定然要挑起大梁。

如今大部分的千户都是经过常年累月的作战提拔而来。

炮兵千户除了需要经历战阵之外，甚至还需要炮兵学院的学士学位才有资格参选千户。