公元325年秋，司马绍驾崩，只有五岁的司马衍继位，王导、司马羕、卞壸、郗鉴、陆晔、庾亮、温峤共同辅政。司马绍谥号明皇帝，之前的作为绝对匹配的上“明”，可惜没有继承司马家的长寿基因，仅存活至二十七岁。北边石勒与刘曜争霸，东晋可以安心的继续内耗。司马绍治下的宗族势力逐渐抬头，辅政大臣中的司马羕系汝南王司马亮之子，年龄长辈分高，被司马睿尊为大宗师，他的弟弟南顿王司马宗与他一起投奔江东。司马绍去世，司马家人人都有当皇帝的心，司马羕率先躁动起来。

司马绍病重期间，掌控皇宫禁军的司马宗便与司马羕相互勾结，阻止任何人探视司马绍。这个僵局最终被庾亮打破，最终司马绍任命七位辅政大臣，人数之多，史上罕见。辅政大臣中王导自不比多说，但毕竟受到王敦的影响，逐渐退居幕后。郗鉴、温峤被外任，不在朝廷内。卞壸、陆晔一北一南，代表各自势力。庾亮，现任皇帝的亲舅舅于是被推向前台，他也觉得自己是众望所归，开始一通乱操作。

公元326年六月，平叛王敦最为关键的主力刘遐病逝，庾亮让郭默统领刘遐的部曲。部曲都是自家兵，自然不愿意归别家，东晋的北疆开始小规模内战。虽然最终郭默成功兼并刘遐部曲，但在石勒的压迫之下，东晋基本放弃对淮河以北地区的控制。十月，庾亮诛杀司马宗，将司马羕贬为县王，其他宗室也一并受罚。朝廷外，庾亮派最为信任的温峤去往江州，防备陶侃，兴修涂塘、翻修石头城，防备外军再次攻入健康。

庾亮的这一波操作，得罪手握重兵的边将祖约、苏峻，甚至再一次激怒陶侃，之前陶侃便认为是庾亮没把自己写进辅政大臣的名单里。朝廷内庾亮专断独行，随意杀戮宗室，本来司马绍留给庾亮的是怎么答也能得分的单选试卷，可惜庾亮认真、努力答题，得了零分。

公元327年十二月，历阳（今安徽省马鞍山和县历阳镇附近太守苏峻藏匿司马宗亲信，庾亮讨要被拒。庾亮决定召苏峻入朝，苏峻不从，以诛庾亮为名进军建康。

苏峻长期抵挡石勒的进攻，手握一万精兵，其中必然包括江东最为匮乏的骑兵，作战经验极为丰富。庾亮，亲自翻修的石头城，或许他的自信源自于此，拒绝了郗鉴、温峤以及三吴地区（吴郡、吴兴、会稽的援助，对温峤说出那句“不许越雷池一步”的惊人名言。苏峻向祖约发出要约，祖约欣然赞同并派出援军。苏峻带兵两万，首先占据姑孰（今安徽省马鞍山当涂县，吞并城中粮草。月底，苏峻绕过石头城，直接攻入台城皇宫。庾亮军阵尚未结成便溃散，自己乘船投奔温峤。健康被苏峻占领，司马衍、王导等被苏峻扣留。苏峻的部众洗劫皇宫后焚毁台城，干了张方与刘曜相结合、甚至更绝的事，司马绍等人被苏峻迁至石头城。

在江州的庾亮、温峤仅有七千兵力，战力拉垮；郗鉴处的兵力史书无记载，之前平叛王敦时由于其自身兵力不足，引入刘遐、苏峻兵众，后来流民都被苏峻劫走，自然实力不乐观。能依靠的只有陶侃，陶侃站队哪里，哪里必然会最终取胜。公元328年，庾亮、温峤等推举陶侃为盟主，领兵前往前往建康勤王。五月，陶侃率众抵达寻阳（今江西省九江市西南附近，庾亮亲自登船叩拜谢罪。陶侃寒门出身，在时代背景的影响下，被高门叩拜，内心激动无以言表，于是坚定与庾亮、温峤站队的信念，合兵四万向建康进发。

另一边，郗鉴率兵与陶侃汇合，听从陶侃号令。陶侃命令郗鉴驻守京口（今江苏省镇江市，分散苏峻兵力。三吴豪族率领各家部曲，发兵建康勤王，苏峻再一次分兵抵挡。即使苏峻分散兵力，盟军依旧只能与其相持，甚至苏峻更占优势。陶侃决定包围石头城，与苏峻决战。庾亮、温峤率领步兵一万，准备向石头城发起进攻，苏峻儿子苏硕带领八千人，将庾亮军击败。击败苏峻似乎只能依靠奇迹，但是这个奇迹恰好出现了。苏峻得知儿子获胜后喝了大酒，带着几名骑兵冲入盟军军阵。毕竟盟军还有近万人，虽然在溃逃，但区区几名骑兵肯定冲不散的。苏峻冲阵失败，返回途中战马失足，盟军部众纷纷用矛向其投射，苏峻似乎成为“刺猬”，其尸体先斩后剐，最后焚烧。没过几天，北边的刘曜，同样的作死法被石勒活捉。然而苏峻的部众推举其弟苏逸继续抵抗，但其大势已去，第二年二月，苏峻之乱最终被平定。祖约投奔石勒，后被石勒灭门。

战乱之后，建康皇宫化为灰烬，温峤建议迁都到自己的地盘豫章（今江西省南昌市附近，三吴豪族主张迁都会稽（今浙江省绍兴市附近，王导最终决定，哪也不去，重新在建康修筑宫殿吧。石勒已经平定中原，但凡离开建康，东晋能不能自保都难说，何况此时的朝廷又只得依靠王导来平衡。陶侃升任太尉，移驻巴陵（今湖南省岳阳市附近，都督荆湘雍梁交广宁七州军事；郗鉴升任司空，继续经营京口；这二位均获得开府权限，位列三公。温峤移驻武昌，九月去世，他的好兄弟庾亮非常惭愧，请求出镇芜湖，担任豫州刺史，企图伺机北伐，将功补过。可惜中原是刚刚一统的天王石勒，庾亮能抵挡住就很不错了。

公元33年，陶侃平息江州郭默叛乱，同时兼并江州。苏峻之后，湘州并入荆州，所以此时的陶侃实际都督八州军事，如果他想再进一步，那绝对不会有人能阻拦住的。或许是高门寒门的时代背景深深印刻在陶侃心中，或许母亲为他能够入仕卖掉自己的头发，或许早年在浪迹洛阳没能被张华入眼不惜投靠孙秀，又或许顾忌与王导结为亲家的郗鉴，一切的一切，陶侃觉得能够到达今天的地步，实在太不容易。陶侃移驻武昌，这个王敦曾经举兵的地方。陶侃忍住了，远离战火，让百姓安居乐业，顺便囤积物资，仅仅和石勒在襄阳拉锯。

公元334年陶侃病逝，将权利平稳移交给庾亮。庾亮恩将仇报，杀死陶侃所有儿子。公元339年，王导、郗鉴先后病逝，平定苏峻叛乱后的十年间，王导坚持“镇之以静”，平衡各家势力，稳定人心、发展生产，没再发生大的战乱。王羲之，王导的侄儿、郗鉴的女婿，以他为代表，将华夏文化艺术推向那个年代的巅峰。