忽必烈派出两路特使执行和平外交政策之时，孰料，元宪宗在一次征战中驾崩。在继任蒙古大汗位置上，忽必烈与弟弟阿里不哥之间引起了争夺战。这对于意欲宏图大展，席卷南下的忽必烈来说，不可谓不是一种巨大的挑战。

阿里不哥竞争大汗在政治宣传上有较大优势，他一直标榜自己传承的蒙古的血性统治，是纯一色的蒙古理念，与忽必烈大相径庭。关于这一点，阿里不哥受到蒙古政府大多数大臣们的鼎力支持。

而忽必烈则不同，他起用了一批智勇双全德才兼备的汉族人。这些汉族人名臣当中，文官有刘秉忠、郝经、姚枢、张文谦、王鹗、许衡、商挺、许国祯、李冶以及赵璧等幕府侍臣；武官有史天泽、董文炳、皇太极、皇庆、董文用、董文选以及张弘范等著名战将。不仅如此，忽必烈还虚心向郝经、刘秉忠学习汉人治国方略，这为蒙汉人民和谐相处开创了先河。忽必烈这一伟大创举深得民心。

俗话云：自古燕赵多慷慨悲壮之士。忽必烈的到来，受到了广大人民的热烈欢迎。有志青年饱含激情义无反顾踊跃从戎。在河北中山地区，尤以真定史天泽、刘秉中以及蒿城皇太极、董文炳弟兄几个成绩卓然。

忽必烈获悉到后庭失火，便率领大将军史天泽丞相伯颜发兵剿灭，独令忠勇大将军董文炳带领蒿城籍将士原地待命，以备南征东战。

原来，蒙古第四任大汗蒙哥发动了第三次西征，蒙哥与忽必烈和大将兵分三路，自己亲率军队入川进攻南宋，一路之上声势浩大，攻城略地不可阻挡。一路攻克捷报频传，当元兵围攻南朝这座孤零零的钓鱼城时，钓鱼城宋兵将领没有选择投降，而是依靠有利的地势，守城精准的指挥，全城将士拚死守卫数月。到盛夏时节，水土不服的蒙古兵瘟疫流行。攻城战中，南朝守将命令士兵发射雷石，攻城的蒙古兵应声而落。在指挥现场的蒙哥也受到重伤，返回都城的路上因伤重去世。蒙古大汗蒙哥去世，蒙古兵军心大乱，蒙古内部统治者开始争夺权利。原本攻打西亚的蒙古兵突然返回，争夺大汗之位，钓鱼台这座小小的城池，不料却刹住了狂奔的蒙古战马。

当蒙哥战死的消息传来时，忽必烈正率军包围鄂州与南朝交战。忽必烈采取了幕僚的建议，其中也有其明智夫人察必的鼎力相助。他同意与南朝宰相贾似道称臣纳贡所订立的“鄂州之盟”的私密协定，然后放弃辎重，亲率轻骑兵飞奔燕都。同时，派出一支军队赶赴四川，与穆哥会合，恭迎大汗蒙哥的灵柩，拿到大汗玉玺。又派出外交官廉希宪等人赶赴东道诸部，并与该部落享有威望的首领合撒尔王爷取得联系，能够得到这位王爷的拥戴，那么其他各王爷定会追随顺服。对于西道诸王，忽必烈派出高级智囊郝经一行联络，主要是钦察汗国、伊利汗国、察合台汗国。至于年轻一派，主要做好堂弟好塔察儿的工作。一旦到京，应马上派遣使者赶到各个部落以及诸王驸马，号召大家会合和林。至于中原地区，忽必烈派出差官与各地首脑进行好言相劝，耐心抚慰。

忽必烈赶到和林时，命令儿子真金坐镇燕京，布置精兵强将严阵以待，密切关注和林动态。如此一来，大蒙古国将以忽必烈的最高指示行事。如果阿里不哥胆敢不从，那么就趁机将诸王爷召集到开平，举行忽里勒台大会。忽必烈夺得汗位实属情理之中。开平是忽必烈在经过漠南时新建的王府。建成后，忽必烈将金莲川幕府迁移到此，开平便成为了忽必烈的一个参谋总部所在地。

这样的开局，初见成效。支持忽必烈的穆哥亲王与智多星耶律楚材的儿子耶律铸相继逃离和林，投奔到忽必烈帐下。东道诸王与西部诸王相继率部来到开平。不少受过阿里不哥不公正待遇或惩治过的藩王，纷纷归顺忽必烈。俗话说：得道多助失道寡助。这时忽必烈竞选大汗位置已成众望所归。

阿里不哥系托雷第七子，蒙哥出征时奉命留守蒙古国都城和林。当蒙哥出征钓鱼城未捷时不幸抱病而亡。为了竞争汗位，阿里不哥占据着天时地利与当地人拥护的条件，公开召集和林忽里勒台大会，并被推举为蒙古大汗。他遵照蒙古“幼子守灶”的习俗，积极与亲信策划继承汗位，并在漠北、漠南布下重兵。有着非凡智慧的忽必烈夫人察必马上派遣特使把阿里不哥的举动密告忽必烈。当初，忽必烈意识里的劲敌是弟弟旭烈兀，没想到七弟阿里不哥半路杀出，便马不停蹄地北返。当忽必烈抵达燕京时，阿里不哥派来使者通知他速去漠北参加忽里勒台大会，会葬蒙哥，推举新一任蒙古大汗。机智多谋的忽必烈料想弟弟早已布置好了“鸿门宴”，故而未加理会，而是着手自立为蒙古大汗。按照国会条律，需要召开忽里勒台大会，即蒙古诸王大会，经过贵戚、诸王推举，继位者方可即汗位。

126年，忽必烈捷足先登在开平召开了忽里勒台大会，参加会议的诸王一致推举忽必烈为“合汗”。忽必烈随即宣布即汗位，称皇帝，并下《建元中统诏书》，阐明了他的政治主张：建元表岁，示人君万事之传；纪时书王，见天下一家之义。并仿照中原王朝以年号之法，建元“中统”，其意是继承中原王朝的正统自命，这是蒙古国首创之举。

一山不容二虎。自此，蒙古出现了两个大汗。因此，弟兄俩兵戎相见，展开了一场国内革命战争。

斯时，蒙古国都和林地区发生了大规模的饥荒，做为草原地区，人们所需要粮食、盐、油等日用品须从农耕地区运过来，可粮道被忽必烈军队截断，致使士兵羸弱，萎靡不振。反观忽必烈马强兵壮，双方一交战，胜负立现。

中统五年（1264年，在蒙古首都和林地区，忽必烈带领精兵强将趁其不备将阿里不哥队伍打得落花流水，不到一个月的时间，便将对手征服。阿里不哥走投无路便带着诸王玉龙答失、谋臣不鲁花等人赶到上都和林，向忽必烈悔过自新投诚归顺。就这样，阿里不哥乖乖回到了忽必烈的账下。

忽必烈质问弟弟阿里不哥：“你说咱俩竞争汗位究竟谁合适谁不合适？”

想当初，自己与蒙古众臣在蒙古京都和林召开忽里勒台大会上选上的汗位，如今被四哥忽必烈打败，心犹不甘，却又不得不俯首。阿里不哥想到这里，低下头回答道：“以前是我合适，现在你合适。”

具有雄才大略的忽必烈，赦免了弟弟阿里不哥，对于不鲁花等人，以教唆阿里不哥行恶之罪判处死刑。

内乱平定后，忽必烈命刘秉忠为太保，主管中书省。刘秉忠，字仲晦，原名刘侃，释名子聪，号藏春散人。河朔地区邢州（治今邢台人，他生于金宣宗贞佑四年(1216年)，世代为辽朝官宦大族。那时，战争频仍，黎民百姓大量逃亡，生产凋敝，社会制度极度混乱。他曾祖父曾任金朝的邢州节度使，父亲刘润在大蒙古国太师国王木华黎攻取邢州后投靠其麾下为官。他是著名学者，精于天文、地理、字画、法历、诗文，著名科学家郭守敬是他的学生。

刘秉忠自幼聪颖，八岁入学就能日诵文数百言。十三岁在帅府做人质，十七岁为邢台节度使府令史，以便于就近奉养其亲。刘秉忠为令史时常郁郁不乐，一日感叹道:"我家世代为官，难道我宁愿沦为书记小吏吗?大丈夫生不逢时，只有隐退以待时而起。"便弃官隐居于武安山中。若干年后，他被天宁寺的虚照禅师收为徒弟。后又云游云中，留居南堂寺。

1242年，北方禅宗临济宗领袖海云奉蒙古宗王忽必烈之诏前往和林。路过云中时，海云听闻刘秉忠博学多才，遂邀他同行。刘秉忠拜见忽必烈后，讲述佛法大意，忽必烈甚为称赞，多次垂询。刘秉忠于书无所不读，尤其深入研究《易经》及宋邵雍《经世书》，至于天文、地理、律历、占卜无不精通，天下事了如指掌。忽必烈对刘秉忠甚是宠爱，海云返回南方后，刘秉忠就留在忽必烈的府邸供职。

贵由汗元年(1249年)，刘秉忠因父亲去世奔丧回家，忽必烈赐金百两为治葬之用，且遣使送至邢州。服丧期满，便召还至和林。第二年，刘秉忠至和林后，上书多达数十万字。可大致分为十四条：

建议忽必烈效仿周公辅周武王事，辅佐蒙哥汗治理天下;选派开国功臣的子孙到京府州县去监督、考核旧官，根据考察结果进行奖惩;按现在的户口确定差税，招揽被压迫出逃的流民。规定百官爵禄，对其德行进行奖惩及约束;对天下之民多施教化，不许下级官员随意定罪，死罪须上报听候断决;清查官府所欠债务，若原系正当借贷一本一利由官府归还，若系非正当借贷，且无借据，以及息大于本者，一概豁免;平民百姓纳公粮以就近输仓原则为准，确定"关市津梁正税"，禁止各处行商坐贾巧取横夺，禁止奢华，规定上下服饰，减轻赋税，差遣劝农官督课农桑;兴办学校，实行科举制，引导开国功臣的子孙入学校，选用有才能者;慎择县官，招抚招抚关西、河南流民，抚恤孤寡残疾者，不许朝廷使臣在地方骚扰官民，应设馆安置;令各地立庙祭祀孔子，访察当地名儒，举行祀典;请蒙哥汗颁行新历，同时着手撰修《金史》;国家拨出一部分经费赡养生活困难的名士学者，免除其中自有产业者的赋税差役，使其为国家尽其才能;广开言路，鼓励直言。明君要君子和小人，使贤者在位，能者在职。将国内人民必须之盐场和矿冶交各路课税所管理，禁止好利之徒依恃官势害民，使商贾与平民互不欺夺;禁止私设牢狱，禁鞭背之刑。要正纪纲，行法度，使天下可不劳而治。注意拔擢廉洁能干的官员。

忽必烈对他的这番议论，甚为赞赏，均加采纳。刘秉忠又建议:"邢州户口原有万余，自兴兵以来都不满数百，若派真定的张耕、洺水的刘肃这样的良吏去治理，必定能恢复旧日盛况。"于是朝廷派张耕为邢州安抚使，刘肃为副使。不久流民复业，升邢州为顺德府。