漫长黑夜终究抵不住拂晓来临，在太阳从地平线升起之时，宣告着这场惨烈的战斗终于拉上帷幕。
穆同这边，美绪、左卫门、小林、河野次郎战死，凫山断臂重伤，修一郎外伤内伤爆发，已暂时丧失战斗能力。就连深不可测的章余也挂了彩，穆同也好不到哪里去，只是凭借龟息术，才将伤势稳住，还需要大量时间调养，才能完全恢复。
夜月忍者和黑鸦更加惨淡，这次夜月忍者强手齐出，只余下山本一人存活，连夜月首领雾司也死在穆同和章余手下，剩余忍众更是大半死绝，东瀛的忍者世界，将要迎来震动。
黑鸦这次也受到重创，从本部借来的风伯雨师小组，因为连续三天三夜超负荷工作，已早早退出战斗。剩余两队精英小组，都被章余一人秒杀，而作为首领的雷神，也已经成了废人，被穆同收押审问。黑鸦在东瀛的绝大部分战力，已经在这场战斗中被消磨干净，东瀛很多暗中的势力蠢蠢欲动起来，接下来的斗争就是后话了。
太阳升起，众人从酒店中走了出来，还有部分酒店工作人员被章余救下，此刻都贪婪的呼吸着新鲜空气，昨晚的动荡如同噩梦。穆同众人安葬了美绪四人，又让凫山返回族内修养，修一郎坚持跟随穆同，要确保任务不打折扣的完成。在与凫山告别后，众人终于搭上列车，离开了津轻县。
接下来的路程意外的顺利，到达伊豆雪后，章余决定先留下陪伴铃木春和久司，等穆同办完事后，在一同返回黑腾国。
“你现在的实力我放心，有什么困难，给我打电话。”章余十分豪爽道，显然铃木春的春心吐露，遂了他平生夙愿，所谓春风得意马蹄疾，大概就是这样。而久司现在也和章余相处的十分融洽，缠着他讲故事。
穆同笑着与他们告别，很快就来到三祺总部所在的城市，令人意外的是，三祺家主跪倒在地，主动交出集团的主导权，请穆同执掌，声称愿意划归轨道公司。
“三祺集团属于三祺家，只是现任家主昏聩，不能再胜任集团负责人之职位。”穆同心中了然，对方表面顺从，实际憋了一肚子坏水，名义上让自己掌权，可他不可能长期留在东瀛，他一走，这群三祺大人们又要搞事情。现在集团里有多少人可以用？穆同也没时间去分辨，全部换掉，也暂时没有合适的人手替代。再就是这样的举动会引起上东志男的反叛，这不值得，也没必要。还是按原计划，交给上东志男自己头疼去吧。
在穆同的英明改组下，上东志男非常巧合的来到三祺总部，得到了全体董事会的推举，成了三祺集团实际的控制人。而他蛰伏已久，最知道三祺集团人员和业务的问题，有穆同一旁支持，上东志男大刀阔斧，半个月的时间就调整了三祺集团人事和业务，全部换上了自己人。
穆同见大事已定，也就不再停留，在上东志男等人的挽留中告别，与章余汇合后，一起返回了国内，铃木春和久司也随行而来。
这次的东瀛之旅收获不小，首先是将东瀛变成了轨道的后花园，铲除了黑鸦的威胁，打击了本土势力三祺并收编，消灭了忍者组织夜月的大部分实力，具修一郎透露，现在东瀛忍者势力之间，已经陷入了疯狂的相互征伐，这对自己倒是的好事。
其次是经过津轻县的战斗，穆同的江天一决冲破玄关，直接到达第七层，现在的穆同随时可以与天地沟通，将天地之间的气息纳为己用。
傅小雨也在穆同返回后出关，将百兵殿赠送的剑谱消化吸纳，剑术造诣更上层楼。
消失一段时间的胡司令也传来消息，据说被黑鸦关押在地底深处，穆同决心营救。由章余继续坐镇轨道，穆同协同傅小雨前往地底，经过与黑鸦甚至白鸽团叛徒的无数战斗，终于在一处隐蔽监牢里找到了胡司令。
而胡司令已经彻底疯了，在他的只言片语下，穆同发现整个世界的秘密，正是这个秘密导致了胡司令的疯狂。但黑鸦和白鸽团叛徒只当是笑话，乘着机会困住了胡司令。
这个秘密让穆同无法安睡，数年之间，和傅小雨走遍了黑腾国各个角落，也终于发现了穆家的秘密。
原来他们生活的世界是一个虚构的世界，这个虚构的世界只是一个落魄程序员研发的游戏，因为缺钱少人，积累的错误多如牛毛。程序员实在无力运营，所以设置了重启机制，这个开关就是穆家，为了保险，又为穆家安排了守护者，也就是傅家。当这个游戏世界面临崩溃，穆家人员中将有人被唤醒，消除一个个错误。
但随着游戏时间推移，错误的积累速度渐渐超过消除的速度，潦倒的程序员无力在运营这个世界，所以这次被唤醒的穆同，以及守护者傅小雨，又被他赋予毁灭世界的契机。
在找到关键秘钥胡司令后，整个游戏世界进入了毁灭自启动，无数的自然灾害开始爆发，让游戏世界人口锐减，但这样的情况还在不断恶化。
在了解到这个世界的真相后，穆同痛苦不堪，在竭力降低自然灾害的破坏后，他也不得不承认，自己根本阻止不了世界的崩溃。而且，世界既然只是一道程序，那大家为之努力的，又有什么意义？传承无数代的天命，又有什么意义？！
穆同带着绝望和虚无，冲破游戏世界与现实的屏障，将程序员羁押，再经过无数尝试，将游戏世界人们的数据，转变为真实世界的物质，实现生命的转移与重生，当小李不可置信的看着真实世界里洒落的阳光，所有得泪水都已干涸。
最后的最后，穆同携同傅小雨离开，去向真实世界的深处，去探寻更多的秘密。世间只留下他们的传说，口口相传下，原本的故事已无人知晓，世界的变化也被人淡忘。