建兴三年四月，长安晋室摇摇欲坠。前去辽东处求援的关陂到达辽东，面见慕容廆告之慕容廆此时若声援天子，则汝必有立业之基。慕容廆听从关陂建议，给了关陂一千鲜卑老骑，命一千骑听命于关陂。关陂得兵后前往江南与王敦会兵，关陂派人告知胡崧。对胡崧说从鲜卑都督慕容廆处得鲜卑精骑三千前来支援。胡崧得知后，转告司马保说关陂从慕容廆处得四千鲜卑精骑前来支援。司马保与索綝二人商量后。告诉麴允慕容廆率兵一万前来支援，麴允听闻劝皇帝再苦苦坚守，告诉晋愍帝辽东慕容廆正率三万鲜卑骑前来支援。晋愍帝听闻大喜，决定坚壁清野，继续固守。于是晋愍帝司马邺遣使者封慕容廆为镇军将军、昌黎公、辽东公并赐辽东公玉玺。
建兴五年，二京倾覆。六州之土沦陷。流民士族纷纷离开中原，慕容廆境内严明令法，虚心纳贤，流亡士族庶人大多携带家户前来归附。慕容廆一概纳之，并设郡统管流民，冀州流民住冀阳郡，豫州流民住成周郡，青州流民住营丘郡，并州流民住唐国郡。同时收揽贤才，委以重任，河东裴嶷、代郡鲁昌、北平阳耽为谋主，北海逢羡、广干游邃、北平方虔、渤海封抽、西河宋奭、河东裴开为心腹大臣。渤海封弈、平原宋该、安定皇甫岌、兰陵缪恺位居枢要。会稽朱左车、泰山胡毋翼、鲁国孔纂德高望重，引为幕僚。平原刘赞乃当世名儒，引为东庠祭酒。世子慕容皝、庶子慕容瀚拜师受业。慕容廆经常亲临刘赞学堂处，与众共读，朗颂之声随处可闻，然流落士人逐渐开始乐不思蜀。招纳白肤黄发的鲜卑女子入室为妾，压榨流落流民耕田于此，劝慕容廆不断进攻周围未开化的部落，将其民众掳掠以作佃农。魏晋之风一时兴起于幽平二地。
平州刺史、东夷校尉崔毖。崔毖乃崔琰曾孙，是王俊从妻，华芳之舅。自认自己是名门望士，布刺史令道：“反有归崔使君者，乃和朝廷一心。身愿将平州所剩田亩，租于尔众耕之。”流亡之人见此令，纷纷前往归附慕容廆，至年末前来归附者，只有千人。崔毖大怒，问左右，高瞻进言说道：“慕容廆纳使君之民，不让其归于使君。”崔毖说道：“胡人果真不能共安！”于是命长史苟富前去宇文鲜卑和段部鲜卑带上珊瑚奇珍等物，前去游说共同出兵，并联合高句丽国君高乙弗（美川王共同商议消灭辽东慕容廆，并瓜分土地。慕容廆于段部和宇文部的间谍得知纷纷前往告之慕容廆，慕容廆得知后说道：“与王浚沾亲带故之人，一个个都愚不可及，如此狭隘。”
建武元年司马睿称晋王，崔毖看到张寔劝进文没有表态，命其帐下都尉马?前去道贺不进贺表，慕容廆看到张寔劝进文，问计群僚。鲁昌对慕容廆说道：“今两京倾覆，天子蒙难，琅琊王人心所向，故称晋王。明公雄踞北地，统辖一方，然天下诸侯，兴兵作乱。辽东蛮夷，未循王化。此时遣使于琅邪王，劝其继承大业，后广泛传帝命，伐负罪之人，谁敢不从！”慕容廆听从建议，遣长史王济从徒河乘船前往建康，劝晋元帝登基。晋元帝继位后，授慕容廆假节、散骑常侍、都督辽东东夷诸军事、龙骧将军、大单于、昌黎公，并派陶辽前去任命。慕容廆询问左右，阳耽建言道：“此乃晋帝试探之举，公岂可纳之？如若接受，则图霸一方之志，必显漏无疑，届时诸侯阻遏，我恐明公，难有所获之利！”。慕容廆听后决定辞不受，晋元帝听闻后，于是授慕容廆平北将军、大单于。慕容廆仍然不受并让陶辽回复，说道：“臣受四帝之眷，今晋室有颓糜之貌。臣本竭力辅之，乃人臣之责也。无需授任，愿陛下收回成命。”司马睿又派人封慕容廆为：“为监平州诸军事、安北将军、平州刺史，加二千户食邑。”慕容廆这次没有辞让，欣然纳之。
太兴三年年末，高句丽、宇文鲜卑、段部鲜卑联合讨伐慕容廆，慕容廆听闻说：“崔毖的不实之词，贪求一时之利，乌合之众而已。相互利用，互不信任。我必能破之，然其军士会合不久，锋芒为显，望速战速决。如开城迎击，便大事去矣。我们以静制动，其必会心生猜疑。一则有疑我等有伏兵而出。二则内部猜疑，恐有昔日韩魏与智共讨赵襄子之事（详见战国策，三家灭智为前车之鉴，待其人心失战，届时一战而定，未尝不可！”段末波暗中传信，告之慕容廆可以与之停战，段部愿意止兵戈，但是请求归附。慕容廆还信于段末波，段末波闻之色变命部众继续与高句丽和宇文鲜卑合兵待攻。过了三十日三家合兵五万攻打棘城，慕容廆城门紧闭，据城戍守，而不出战。
慕容廆派封抽前去牛送酒去犒赏宇文部，宇文部内。高句丽使者和段氏鲜卑皆在此。于是封抽对众人说：“慕容廆派使者前来，相会于宇文悉独官。”宇文悉独官不明所以，欣然接受馈礼。于是段氏鲜卑与高句丽怀疑宇文部与慕容廆同心，带兵而归。宇文部单于，宇文悉独官说：“高句丽与段氏鲜卑虽然撤回，但其部众总和不到一万，我宇文部连日攻之，慕容廆连连退避。我当独自拿下慕容廆，何用他人！”带着全部人马四万之众逼近城池，兵营垒首位相连二十里。慕容廆选鲜卑精骑三千与新卒二千分配给慕容皝，二千骑分给慕容瀚，慕容皝冲锋在前。慕容翰领精锐为奇兵，开城门由城西杀出，直捣宇文部军营。慕容廆命三千弩兵与六千步卒向前推进。宇文悉独官不设防备，见到慕容廆，前军前来，才率兵抵挡。兵刃相接，慕容翰已冲入其军营，放火烧军营，众人震恐纷乱，不知所措，随即大败，宇文悉独官仅以身免，慕容廆将其部众悉数俘获，劝而诱降。在他们军营中上缴获昔日皇帝赏赐的玉玺三枚，派长史裴嶷将其送到建康。崔毖得知宇文部大败而归，心中坎坷不安，命左右征集武卒，征至二年三月得军一千。
崔毖担心慕容廆攻击自己地盘，派崔焘假装来祝贺慕容廆。说道：“辽东公一战而定，崔毖来贺！”并献上奇珍异宝若件。翌日段部鲜卑、宇文鲜卑、高句丽使者前来请和，称：“我们本无与辽东公相战之意，此乃崔毖崔使君叫我等攻之。”慕容廆于是召入崔焘，让三人与崔焘对峙，崔焘语塞不言。于是慕容廆说道说：“汝叔父教唆，宇文鲜卑、段部鲜卑、高句丽共同灭我，怎么现在又贺于我？”崔焘心中恐惧，坦白服罪。慕容廆看到崔焘如此惧怕，就命其回去劝说崔毖：“投降是上策，远遁则是下策。”并派士卒一百跟随崔焘。崔焘将事情一五一十告之崔毖，崔毖心生恐惧，崔毖与数十名亲卫丢弃家室逃往高句丽，慕容廆将其部众好言安抚，把崔焘和高瞻等迁到棘城，用宾礼而待。太兴二年五月，高句丽侵犯辽东，高乙弗（美川王亲率军三千而来。慕容皝以伏兵埋伏于辽东道，见高句丽军出，慕容皝领军从山中而冲，高句丽大败。称臣于慕容廆，慕容廆欣然纳之。
裴嶷从建康回来，晋元帝遣使者温峤说道：“慕容廆居功至伟，平鲜卑内乱，整合部众。驱赶无能之臣，有功于晋，皇天有望，特授慕容廆。使持节、都督幽、平二州束夷诸军事、车骑将军、平州牧，进封辽东郡公，食邑一万户，常侍、单于如故。”温峤念完慕容廆听闻如此，激动不已，哭泣率群僚向南而跪拜，群僚和慕容廆一起向南方叩头表忠。慕容廆说道：“若后世有负晋室，则宗室相残，万劫不复，天诛地灭！”说完慕容廆起身洗泪，净手，颤抖的拿着皇帝所赐丹书铁券，站在祭台，将其高高举起，受命统辖海东一带，设置百官，设平州守宰。布第一道令就是为朝中刘琨洗冤，帅军三万由慕容皝领前军，慕容瀚领中军，自领后军欲踏平段末波，百官听闻纷纷表示：“段末波，暗害朝中大臣罪该万死，今州牧举义师，必能而胜！”。
段部鲜卑此时首领段末波听闻此事，慌乱不已，但段部内部已经离心离德。将治下男女一万人给予武器前去抵抗，慕容廆听闻段末波此举，不禁说到：“段末波已经穷途末路，此战必能一战而克！”慕容皝夜中帅兵袭击段末波军帐，段末波部众看到火光四散而逃，慕容皝率领精骑突入军营，斩敌三千，部众溃散，兵围土垠城，下令攻城，土垠城破，段末波领宗室俯首而拜献辽西公玉玺，慕容廆见到让其得以离去，拿出辽西公和辽东公玉玺在段部祭坛，上祚祭天，后收缴马匹三千牛三百羊七百人口一万而去。