建康县尉逮捕避军军士，被军府硬行劫走，刘隗弹劾，护军将军戴若思被免官。官员颜含在服叔父丧期间嫁女，被刘隗上疏弹劾。还有，庐江太守梁龛在除嫡妻丧服首日，请客奏伎，丞相府长史周顗（周伯仁、戴渊、司马承三十余人出席酒会，刘隗奏请免梁龛官职，削其侯爵，并罚周顗等人一个月俸禄。司马睿一一批准。扬州刺史刘陶门客宋挺，宋挺在刘陶死后，娶其爱妾。宋挺因贪腐，遇赦而免。奋武将军阮抗提出聘令宋挺为其长史。刘隗上疏，说宋挺有伤人伦，请除名。奋武将军阮抗却用这么一个人为长史，请免其官职，下司法治罪。宋挺病死，刘隗仍然上疏，提出“如前追除宋挺之名以为民，录妾还本”，获得司马睿批准。王敦之兄王含，“以族强位显，骄傲自恣”，刘隗上奏王含的文书，痛骂王氏宗族包括但不限于（任人唯亲、私杀官吏、谋害要臣、逼反流民、私行赏赐、挥霍无度、招流纳妾、无视主上，司马睿看后压下没有批复，自此朝中王氏之人对刘隗恨之入骨。
七月司马睿朝会时问到北方乱局时。王导说：“北方胡人频频为乱，刘使君被胡人所害。永嘉朝时王敦就上疏过，切莫许给胡人刺史州牧之职。导致刘使君被害实为哀也。”刘隗愤然说到：“此正乃王敦始奸，与段公何事？”王导说到：“足下慎言之，王敦之举乃有利晋庭，是胡人假造圣旨，缢杀使君！”刘隗说道：“汝愧为朝臣，明知王敦与刘琨有隙，却还为王敦辩解！”王导颇有生气，索性直接说道：“陛下重用此狂悖之徒，容臣退朝务耕！”晋元帝司马睿走下台，牵起王导的手说：“朕若失仲父，如齐桓失之管仲，仲父怎能弃朕而去？”说完命刘隗以失言之罪，请罪于王导。刘隗听闻晋元帝之言后拜别皇帝后留下官衣而去。王导说道：“陛下此举是为保刘隗？如陛下不能令其至歉，臣自退而走！”说完头也不回走出宫内，晋元帝无奈说道：“王导如此卿等有何良策？”求助于群僚。司马承说道：“王导弃走，况呼王敦？如不能制恐为乱朝纲！”刁协说道：“臣有一计可制王氏！“以法御下维持帝室权威，排抑豪强保持朝政平衡、崇上抑下可以尊才抑庸””司马睿听闻说到：“如公之言，王氏必弱！”翌日，司马睿亲自到访刘隗府中，刘隗和其家人看到后跪拜行礼。晋元帝前来与刘隗商讨如何分化王氏。
八月司马睿再次组织朝会，问道国势兴衰，组织朝臣辩论。司马承说到：“宗室势哀，不复当年！”王导说到：“宗室若强，诸王必乱！”司马承说到：“东海王司马越、赵王司马伦、楚王司马玮三人有反心致使朝廷内乱。唯独汝南王司马亮和长沙王司马乂有匡扶救世之举！却尽皆被害！”王导却一针见血的说道：“八王之中可有善终者？惠帝之死至今不明！”司马承败下一阵。周伯仁说到：“诸王内乱致使朝政有失，帝不可再行此错！”王志说到：“宗室可令其为王但必须罢其实权！”郗鉴说到：“士族亦不能不制！昔日汉室哀之，王莽掌其实权故而篡汉！”王导说道：“士族有和不妥？王莽窜汉，非一日之而成！乃汉帝不予提防，且前汉王氏从王凤开始，步步掌朝！王莽继之大司马，且有不臣之心，故而前汉哀之！”郗鉴再败一阵。陆晔说道：“前汉亡，亡在腐。若朝命如一，公卿相宜，王莽必无可乘之机。”王导回礼于陆晔。陆晔继续说道：“汉末三分，始自桓、灵二帝，卖官鬻爵，能臣谏言却不采纳。致使党锢之祸！当永以为戒！”桓彝说道：“忠臣所言，不予纳。佞臣之赞，以为傲。故后汉之臣，多奸少忠！且昔日朝堂之上，后汉佞臣之后岂在少数？”温峤说到：“汝此言何意？晋宣帝乃后汉洛阳令，司马防次子也。足下之言，此苟同如一？”桓彝败阵。温峤说到：“后汉亡于三者，一曰外戚；二曰士族；三曰佞宦！”庾亮问道：“公何以此言？”温峤说道：“三者相制！外戚干预朝政！士族威胁外戚，故以宦官为助！而宦官常左右于帝也！却不知皇帝常听命于外戚。三者相互制衡，一但一方破局。天下既乱！党锢之祸致使士族势哀，导致外戚权力滔天。昔日大将军何进和车骑将军何苗，此二人并无兵识之能。汉帝仍然用之，中平六年灵帝去世，刘辩尊何氏为皇太后。导致董卓乘虚而入，朝野糜烂！十八路诸侯起兵，各立基业。最后胜出者却不过三家！陛下当以此为戒！”司马睿说到：“卿言甚是，朕当以戒之！”王导建议道：“让民众学习教化礼仪道德、巩固君臣及父子之纲常，以此招揽贤才，改汉魏以来的风气，又建议择取朝中子弟入学，选用博通礼学之人为师，成教化、定风俗。”司马睿听闻表示认同，朝会结束司马睿留下刘隗、刁协、戴渊三人。刘隗与刁协用自己亲信替换朝中王氏官员，上疏请求晋元帝一一答复。直到十一月，朝中王氏官员从四十人降至十人。被罢官王氏携带家眷纷纷前往荆州，江州找到王敦纷纷诉苦。王敦怒不可遏，于是招募士人为将，积极炼兵。祖逖得知后命公孙成随王安送信告知王敦。信中写道：“汝有三罪，一罪为乱朝纲。二罪欲乱为上。三罪自立图之。有此三罪，州牧欲何日清算？”王敦见信心生恐惧，此时论兵多王敦胜之若论将才。祖逖南下攻，凭自家之人，恐难以抵挡。于是回信道：“吾并无反意，是为伐李氐而备战。”祖逖看此信后，集军一万遣至建康。”并派公孙成回朝，告知元帝要增加军备，防王敦起兵。
太兴四年元月司马睿一日布三诏：“三吴地区如有才学之士，通过笔试者可赐官赐爵！”又诏“扬州地区的北方流民，如入伍应征者可免税受粮，命戴渊为征西将军，都督兖、豫等六州诸军事。刘隗为镇北将军，都督青、徐等四州诸军事，率军四万人，分驻合肥、淮阴，北讨石勒。”第三诏“各位官卿如发现朝野颓废，可随意上疏。皇帝不检举，可入宫谏言。如有兴国安邦之策，可当面于朕相议！”
熊远看到诏书后上疏写到：“臣暗于天道，窃以人事论之。陛下节俭敦朴，惠通吴楚。群公卿士不能明言得失，利益大化者，尸位素餐，此公卿之责也。今胡人攻诸夏，暴虐有余，二帝未葬，四海延颈，莫不东望。而未能遣军北讨，仇贼未报，此一失也。昔齐侯既败，七年不饮酒，七年不食肉，况此天下之耻。臣子之责，在枕戈待伐，为王前驱。若此志未成，当上下克俭，恤人养士，撤乐减膳，独修戎事。陛下忧劳于上，而群官贪乐于下，每有会同，唯独酒食而已，此二失也。选官用人，不料实德，不求才干，乡举道废，请托交行。有德才者不能用，修仙养性者皆走马上任！称职的官员见了就排挤，不通政务者互相拥戴。导致民不知公正何意，私途日开，强弱相陵，冤枉不理。且今当官者以通理政务为耻，遵奉法令为刻板，互相行礼看作谄谀，日夜摆烂是为高妙，放荡不羁看作良士，此三失也。三失皆有之人只享其乐却不知苦也。”熊远此书，朝臣无不惊叹。晋元帝面见熊远拜谢说到：“朕当与先生共安天下！”熊远行礼说到：“如只有陛下与臣二人，恐无济于事。应多用清廉之才避之庸人。”公孙成上疏道：“王敦暗备甲兵，帝当早做图谋！”司马睿回复道：“已备军务，卿勿忧也！”刘隗上疏道：“朝野颓靡皆在王氏官员！臣请罢免王导！暗降王敦兵权！”王导听闻刘隗上疏，自请罢官对周伯仁说到“我料陛下力保之！”三日后司马睿答应王导上疏请求，王导进入皇宫请求觐见，司马睿概不见。王导跪拜一日，依旧不见。于是回府自饮道：“王氏哀之，王氏将亡！”
王敦掌兵在外，欲擅朝政，晋元帝任用刘隗、刁协等人以削弱王氏，令王敦十分不满，王敦上书晋元帝的表章写道：“臣今拥三州之地，得军十数万可为朝廷趋之。不知陛下何故罢免王导，臣请陛下复王导之职。莫信奸佞之言！”司马睿看后，夜召司马承，将王敦表章给司马承看，共谋对策，司马承认为王敦即将起事发难。此时梁州刺史周访逝世，湘州刺史甘卓（秦国丞相甘茂之后，东吴甘宁曾孙转任梁州刺史而令湘州刺史出缺，王敦因而上表由宣城太守沈充接任湘州刺史，而晋元帝表决王敦言辞恳切说到：“湘州之地，地贫民饥。何劳处仲心腹前去受苦？”决意派司马承出任湘州刺史。任命司马承监湘州诸军事、南中郎将、湘州刺史。司马承前往湘州时，路过王敦处武昌郡，与王敦宴饮。王敦直言不讳说道：“司马睿派足下此来何意？”，司马承说到：“我一俗人尔，至今不受用！陛下见我孤寡，便令我委任一方，此乃宗室之情也！”王敦又说道：“既如此为何不令足下作豫州刺史？”司马承知道王敦用意，于是说到：“铅刀一割！吾虽才备平平却也能令陛下受用，比之庸人才胜八斗！”。钱凤说到：“汝如此畏之王州牧，定于朝中不堪重用！”王敦听后笑道“足下有班超之才却无班超之勇。”不加阻挠。命关陂护送司马承到湘州。时湘州残破，关陂走时留下三千兵卒交予司马承。并暗中告诉司马承“王敦之况，身老无多，且军中不合。”司马承说“汝之意只需牵制王敦时日一久就可以令其自溃。”关陂见到司马承知道了自己的意思，答应与司马承结为外援。司马承清廉简朴，自己亲自务农耕田，安抚当地，名声渐旺。王敦见此，又怕司马承日后掣肘，假称北伐而征召湘州境内所有船只。司马承知道王敦用意，命人收集破船烂船稍加修缮送予王敦。