凉州刺史张寔不敌刘聪，含恨而败，退兵至武威郡，郁郁成疾，并州刺史刘琨被石勒击败，祖逖挫败刘曜前军，公孙瑾终因年事以高，不能继续担任威晋将军和讨虏大都督表辞于司马睿，上疏说到：“臣年老无多，昔攻破王弥，击退胡虏，观天下糜烂，瑾纵有威晋之心，却无退贼之力。今举家子公孙成于琅琊王，公孙成之才胜瑾两倍有余，将其历练时日，必可为安一方。”司马睿看到公孙瑾奏疏后下奏不复。司马睿向魏宗占卦，魏宗占后对司马睿言：“晋失天命，二帝遭俘。速作帝尊，可谋复国。”司马睿听从，立封魏宗为太师。建兴六年元月司马睿携带臣下隶属在建康大肆封官。
三月初四，焦崧、陈安进犯陇石，与刘曜相持，雍州、秦州之民十之八九死于战乱。焦崧、陈安进逼上邽，南阳王司马保派使者告急。任金城太守窦涛为轻车将军，率领威远将军宋毅以及和苞、张阆、宋辑、辛韬、张选、董广率军两万赴援。军队进驻新阳，晋愍帝驾崩的消息传来，所有晋臣听闻穿孝服举哀，聚哭三日。南阳王司马保图谋称帝，破羌都尉张诜对张寔说：“南阳王自称帝号，上天不授其命，德行不足。不是济时救难之人。司马睿德才兼备，是先帝依靠属意之人，宜上表称颂圣德，劝其登帝位。”张寔听从其意。于是向天下发送檄文，推崇司马睿为晋朝皇帝，派牙门蔡忠奉表章到江南，劝司马睿称帝。三月初九司马睿进晋王位，四月改元建武，晋旧臣张寔、刘琨、段匹磾、刘翰、祖逖、祖约、王敦、王导、谢裒、刁协、公孙成、关陂、陶侃、桓彝、温峤、庾亮、阮放、刘遐、应詹、卞壸、郗鉴、陆晔、司马羕、王舒、苟悦、曹炳、魏宗、慕容廆、戴渊、熊远、刘靖、刘隗等一百八十人遣使上书劝进。十日后司马睿登基称帝，改元太兴。凉州张寔依旧用建兴年号。受百官朝贺时，司马睿再三请王导同坐帝座受贺，王导再三辞让不敢当，说道：“君臣有别，臣乃草木帝乃日月，百姓是视之日月还是视之草木？”司马睿听闻于是追加王导总百揆，揽朝政。入朝不趋，赞拜不名。王导不肯受，晋元帝司马睿说到：“公不可再辞，乃必受也。”王导只好拜谢司马睿。
司马睿布诏封王导骠骑大将军、开府仪同三司，封武冈侯。使王敦担任大将军、江州牧，封汉安侯。统辖江荆二州郡，自收贡赋，都督中外诸军事。王彦为右仆射。王悦为会稽郡郡司马（郡丞。王才追赠抚军长史，平东伯，王协为抚军参军。王正为尚书郎。王劭任东阳太守。王会为副御史。王荟任吏部郎，出任吴郡太守。命王羲之任秘书郎。王籍之任安成太守。又赐王敦官印二百枚，可自行委任太守县令等职。命王导可自行决定六品以下官员任免。
刁协任左仆射、尚书令。戴渊赐前将军、尚书、中护军。令公孙成作豫州长史，继其父公孙瑾威晋将军，讨虏都督。封刘隗御史中丞，兼任侍中，祖逖任雍、梁、兖、豫、青五州诸军事，豫州牧。桓彝迁中书郎、尚书郎。庾亮任领著事，于东宫侍讲。温峤拜散骑常侍。兼任太子中庶子。
公孙成听闻成命，收拾行囊含泪对公孙瑾说道：“城父，成将远去，幼子只能交予城父照料。”公孙瑾言：“汝去祖逖处，凡事多询问。兵识如若不一，应先遵祖公之意。后私下在言。今将此书交予汝，此书乃昔日邓艾相赠。吾正是以此书中兵阵大破王弥十万之众。”公孙成接过公孙瑾手中之书，行父子礼于公孙瑾，后又见了其妻张妤，二人相拥而泣。互诉离别之苦，又抱起二子，放置两肩，快步两圈。二子嬉笑。长子公孙煊问：“父去何处？”公孙成言：“豫州。”公孙煊又问：“豫州于何？”公孙成言：“司州东南”公孙煊说：“刚从司州避难而下，为何父亲又要去？”公孙成说：“为复还故土，必须前去。”公孙煊说：“煊愿随父，光复故土。”公孙瑾皆过公孙煊说：“五岁幼子，有此之志，乃先祖公孙度之佑。”话毕，再拜公孙瑾。公孙成带行囊乘朝廷牛车而走。公孙煊和其母张妤哭着远送公孙成，公孙瑾命侍从取笔和纸。写诗道“乱兵满地压群雄，百口流离四海空。唯有江东后宗老，力扶炎祚与天通。”
司马睿布诏要亲自带兵北伐，君臣闻诏皆感骇然，公孙瑾上疏说到：“天下未定，北方沦陷，各路诸侯败多胜少，陛下刚刚即位，当安定天下，平静四海。陛下何故亲自趋兵北伐？”庾亮奏言：“若陛下北征驾崩于外，国中必然混乱届时谁能掌控大局？”王敦上疏道：“讨虏事，有祖逖刘琨二人，此时当护当下之基业！数年之内不可言北伐之事。”王导奏说：“天下事，已至此臣请暂缓北伐！”
司马睿诏王敦，王导入宫对二人言：“五胡乱华，诸夏不敌胡虏，致使九州百姓惨遭屠戮，士族各相奔逃，祖宗之土尽归胡人！朕登基为帝志在四方，正为复昔日故土！他人不解朕意，然卿等何故阻拦。”王敦感到惊愕说到：“君上此座，乃臣趋兵数月，结交吴人上下奉承，才求此之位。今故土沦陷臣何尝不想复还故土？现所剩各州兵马所合不足十万，一但北伐有失，恐社稷危矣。会使江山倾覆，祖制崩毁。届时胡人若自制书文，弃我文言，天下士族龟缩一城之地，苟延残喘百年再被胡人所灭，中国渐疏。现今应当养精蓄锐，培育良将待五胡势哀。奋武锐，一战而定，可复天下！”王导言：“堂兄所言，愿帝听之。当缮甲兵，修武备，建高城，据守要害为子孙计！”司马睿听闻王敦，王导这么说。无耐叹息道说到“多亏公言，及时醒我。”于是更改诏命为“劝课农桑，轻徭薄赋，北方流士赐田赐粮。激励生子，生一子免徭役二年，免粮税半年。生二子，赐耕田。免徭役三年，半年所需粮税减半。”
王敦回府，闭府拒客独自饮酒，王敦酒后咏唱曹操的“老骥伏枥，志在千里。烈士暮年，壮心不已”。他一边唱，一边用如意敲击酒壶，以致酒壶的壶口被敲的破破烂烂。公孙瑾去拜谒桓彝告诉原委后，桓彝说道：“府君与我父倾盖如故，今有难吾本为之助。只是狭院内抹月秕风，只有粟米为食。恐有负府君。闻庾亮素来重视寒门，府君可前去诉至。”公孙瑾拜离桓彝后，来王敦处被王敦拒，王敦说到寒门岂能攀望世族？于是公孙瑾又去拜谒王导，王导素来不正视寒门，被其主簿以王导不在为由拒其入门。公孙瑾去见了庾亮，行士大夫礼。庾亮设宴待客，庾亮问道：“府君至此，可有困事？”瑾言：“身时日无多，庾公佐朝政久矣，现江南世族，屡异挤兑，吾子远任，二孙年幼。若我逝去，无人照料。”庾亮言：“不知府君所言是哪二孙？”瑾言：“公孙煊，公孙筽。”庾亮言：“昔永嘉朝府君退王弥十万之众，始其未进关东之地。朝中诸将皆言府君人杰，若府君逝之，庾亮将善养府君之后，辅育成才。”公孙瑾拜谢庾亮。
翌日王敦带幕僚去江州赴任，马车三辆牛车十数辆亲卫五百。一路上行走迟缓，给王氏之人各有任职，侄子王应四处搜罗财物，以皇帝纳妾之名强征民女献于王敦。王敦大喜授其为江州长史，吴人怨声载道。到了江州王敦听取校尉关陂建议整合兵马，收纳流民给予钱粮。收北方流民三十万取其中精壮男子整编成军得甲五万，老弱病残者二万送归建康充军。王敦在听闻杜曾在荆州作乱起兵二千反晋，自号荆州牧，大都督。王敦立刻遣部将朱轨、赵诱带甲三千征讨杜曾，大军一路开拔所到之处劫掠吴女粮稼。吴人怨之，纷纷援助杜曾。告之杜曾，朱轨军队踪迹。于是朱轨被杜曾击败。王敦命关陂和陶侃前去讨伐，给陶侃老弱三千，关陂精兵二千。
关陂对陶侃说：“陶使君定江南，兵识远胜关陂。关某得二千精兵却不知何以为用。今与陶使君互换甲兵，助陶使君破贼安晋。”陶侃说到：“王敦惧我再立战功，故予我老弱三千，如若战败，乃我治军不力，必降其罪。如若胜之，此必为王州牧之功。汝乃王敦麾下，何故助我？”关陂说道：“吾观王敦，虽颇有才能。却恃才傲物，不近寒门，打压功臣。若陶使君战死，如同昔日周处，岂不可惜？我助陶使君实为助国，今国中能臣屈指可数。王氏子弟占一半江山，来日不可预也，若时日一久王敦心生反心，勾联朝中王导，晋业危矣。当早做图谋，今日我助陶使君成名利，陶使君切莫负我。”陶侃问关陂说道：“汝带老弱之军，必然行军迟缓，不能为战。莫非想图一郡之地立足？”关陂说道：“使君慧眼，关某正欲图一郡立足！”陶侃说：“也罢，各自建功！”关陂说道：“陶使君渊清玉潔，谋当为助！”于是二人互换甲兵。关陂囤弱旅三千迁于南郡，以杜曾率甲来攻为由骗南郡太守赵同开城门。夜中又与南郡太守赵同，南郡郡丞黄德一起宴饮，待到赵同和黄德二人酒醉不醒，关陂发难抽腰间剑，擒杀二人和府内侍卫五人。后又编写二人与杜曾串通的书文，昭告郡内，上表王敦。逼迫赵同主簿许乐以北方未定胡人南下为理由强制在郡内征兵，得八千卒又将其中五千士卒送至王敦处，王敦大喜封关陂为南郡太守。陶侃出兵攻杜曾。王敦自己上表言：“臣至江州杜曾起反，乃臣之过。如不能降职，恐朝野不服。”司马睿看后于是免去王敦江州牧改为刺史，陶侃出奇兵三战三胜，杜曾兵败被击溃上表投降。杜曾的投书被关陂暗中截下，王敦不见杜曾表降，于是不问降书在哪，就诛杀杜曾三族。江南世族见杜曾献降书却依然被王敦斩首，心怀不满，心生反意。月末杜曾被传首建康。司马睿大喜过望。宣告朝野，又封王敦为荆州牧。