兴平二年（195年，孙策从历阳渡江，打败了刘繇，刘繇放弃丹徒西逃。

于是，孙策令朱治从钱塘进攻吴郡，吴郡太守许贡在由拳抵抗朱治。

朱治大败许贡，许贡逃走依附山贼严白虎，朱治便代理吴郡太守的职责。

袁术在寿春得知孙策击走刘繇后，上表奏请孙策为殄寇将军，把周尚召回寿春，并派其堂弟袁胤取代周尚任丹阳太守。

建安元年（196年，孙策进攻会稽，在王朗溃败投降后，会稽平定。

孙策在占据会稽后，将原有长吏全部更换，自己兼任会稽太守。

另外，孙策以吴景为丹杨太守，以孙贲为豫章太守。

孙策又分豫章另置庐陵郡，以孙贲弟弟孙辅为庐陵太守，朱治为吴郡太守。

彭城人张昭、广陵人张纮、秦松、陈端等为谋士。

同年，孙策派遣奉正都尉—刘由、五官掾—高承拿着孙策的奏章拜谒许都朝廷，并向朝廷进贡礼物。

建安二年（197年，袁术占有传国玉玺，正式僭越称帝。

孙策给袁术写信，劝其不可如此作为，袁术不听所劝。

于是，两人绝交，不再有往来。

同年，曹操派议郎—王誧携带汉献帝的诏书给孙策，任命他为骑都尉，袭父爵乌程侯，兼任会稽太守，并命他与吕布、陈瑀等一起讨伐袁术。

孙策觉得自己统领这么多兵马，骑都尉的职务有点低了，想得到个将军的封号。

于是，孙策派人向王浦透露了这个意思，王浦当即以皇帝的名义宣布孙策权代明汉将军。

当时，陈瑀军驻东海军海西。

孙策按诏书要求，整顿兵马，要去与吕布、陈瑀会面，谋划军机，参同形势。

但他率军走到钱塘时，情况却发生了变化。

原来，陈瑀想要乘机夺取孙策的地盘。

他派人秘密渡江，拿着三十多个印信给丹杨、宣城、泾县、陵阳、始安、黟县、歙县等地的大帅祖郎、焦已及吴郡乌程严白虎等，让他们作内应，等孙策的部队一开拔，马上攻取他的郡县。

孙策发现这一阴谋，不禁大怒，派吕范、徐逸统兵直扑海西，大破陈瑀，俘获他的将士、妻儿等共四千多人。

陈瑀往北逃奔袁绍。

建安三年（198年，孙策派徐琨赶走袁术所派的丹阳太守袁胤，平定宣城以东各地。

之后，孙策迎接刚从袁术处回来的吴景担任丹阳太守，并亲自进攻丹阳泾县以西。

他先进击陵阳，擒获祖郎；又进击勇里，擒获自封丹阳太守的太史慈。

孙策平定丹阳回师吴郡后，拜太史慈为折冲中郎将，授祖郎为门下贼曹。

这时，袁术之前任命的周瑜为居巢长，鲁肃为东郡长。

但二人都知道袁术难成大器，在孙策平定丹阳时，相继弃官渡江来投奔孙策。

孙策亲往迎接周瑜，拜建威中郎将，当即给周瑜增兵二千人，马五十匹。

又给周瑜鼓吹等军用乐队，兴建府院住处，所赠赐的东西在军中无人能比。

也是从这一年开始，周瑜一直跟随孙策征战，并与周星月聚少离多。

同年，孙策又向汉廷贡献礼物，规模是建安元年的两倍。

汉廷任命他为讨逆将军，封为吴侯。

建安四年（199年，孙策正准备与曹操、董承、刘璋并力讨伐刘表和强弩之末的袁术。