时值大雪纷飞，建州左卫军民指挥使司女真兵由瑚齐寨至兆佳城，需要翻越噶哈岭，此处山势陡峭，道路难行。

士兵们刚到达岭前，便有人畏怯意图后退，明建州左卫军民指挥使得知后，一方面晓喻兵将树立信心，另一方面则周密布置，他率先凿山为磴，命令士卒们用绳子连马，前拉后推鱼贯而上，很快就围困住了兆佳城。

而兆佳城主事先接到密报，已聚兵登城早有戒备，让明建州左卫军民指挥使见状不得不亲自身先士卒奋力强攻。

明建州左卫军民镇抚使：钮祜禄·额亦都，率先登上城墙率兵跟进，守城女真兵力不能支，出现全线溃败的情况，导致兆佳城主被俘。

同时在北直隶京畿顺天府紫禁城内，明神宗召明通政使司左通政：海瑞，为南直隶都察院右佥都御史，命他即刻赴任。

当时明南直隶都察院右佥都御史：海瑞，已经七十二岁了，他直言上疏称自己衰老垂死，愿意效仿古人尸谏的意思，并列举出明太祖吴王洪武高皇帝陛下刑法，剥人皮装上草制成皮囊，以及定律枉法多达八十贯判处绞刑的规定。

并且还说应当用这样的方法，来惩治贪污，其它谋划时政，言语极为切实，只有劝皇帝用暴虐刑法才能治国。

然而当时南北直隶都察院官员们评议，都认为这样做是错误的？故此由明都察院经历使：梅鹍祚，出面弹劾明南直隶都察院右佥都御史。

好在明神宗明察秋毫认为明南直隶都察院右佥都御史言论虽有过失，却清楚的意识到海大人的忠诚，为此只是免去明都察院经历使的俸禄，并改任海瑞为南直隶吏部右侍郎。

3月10日，朝廷下令明元江军民府知府：那恕，去招抚明车里军民宣慰使：刀糯猛，因嘉靖年间，车里军民宣慰使司就曾以大车里（既；宣慰使司南部）应缅甸军民宣慰使司，而以小车里（既；普洱县一带）应大明。

这次在明军对缅甸军民宣慰使司的自卫反击战中，取得了胜利的形势下，明车里军民宣慰使才复归大明，进献训象、金屏、象牙诸物，谢罪。

在这种情况下，明神宗不计前嫌恢复了他的车里军民宣慰使的官职。

4月初10日礼部重修「大明会典」，要刑部提供有关法律资料，明刑部尚书：舒化，与明吏部尚书：杨巍，遂选辑自明嘉靖三十四年公元1555年历次诏令以及〈宗藩条例〉、〈军政条例〉、〈捕盗条例〉、〈漕运议单〉中与法律相关的条款，以律令为正文，以事例为附注，共三百八十二条，汇编成书，定名为〔问刑条例〕。

5月19日明神宗早朝退了之后，以平台方式召见明内阁首辅：申时行，等官员们商议大事，明陕西巡按兼都察院广西道监察御史：董子行，趁机上奏疏称“巡抚、巡按，官员当亲自巡历地方，不可推诿给其余将吏，巡抚宜久任，沿边兵备道官员宜加优待，沿边同知、通判等官员宜慎选用，破格迁除。”

此刻明神宗：朱翊钧，则回复道“董爱卿所言甚是，边疆之事重大，若巡抚、巡按，官员不亲历地方专委小官，岂不误事也！”

但明内阁首辅：申时行，等官员却上奏说“就如陛下所言，边疆之事全赖巡抚、巡按，官员他们每年巡历地方，而下人不敢欺骗，自能尽心料理，若巡抚久任，却不惟人才得以展布，发挥作用，而百姓亦得相安无事。”

明神宗则说“巡抚久任者，宁可加俸加衔，也不行以亲故赞其成，非大臣谋国之忠。”

立刻就被明内阁首辅奏辩道“当初陛下阅视此地时，都察院江西道监察御史李大人、都察院河南道监察御史江大人，可并没有说起此事，若轻易更动乃辅臣召对之典，自孝庙后至是再举。”

由此引起了明神宗的注意。

6月17日四川都指挥使司叙州府叙南卫建武守御千户所，参加哗变的士兵将领，明建武守御副千户：范泰龙、明建武守御千户所镇抚使：李德，等十余人被杀，并传首所部兵营。

又有四川承宣布政使司龙安府平武县杨柳蕃人进犯松潘卫金瓶堡，以及成都府茂州蕃人联合起来集结成48寨，北上进犯叠溪守御千户所与叠溪长官使司、普安堡、归水岩，一带导致川西震惊。

明四川巡抚：雒遵，得知消息后急忙派遣明四川总兵：李应祥，率兵前去征讨，以防叛军扩大战局骚扰军民。