由明鳌山卫副总兵：王来聘，率部首先登城作战，却受伤而死！

很快登城明军就控制住了城楼上下的叛军，明登莱监军：高起潜，还在登州卫郊外的挂傍山上筑建了一座炮台，开始用红夷大炮炮轰登州卫指挥所。

这让明叛将：孔有德、耿仲明，两人无奈只能选择弃城出海逃亡，城破明军俘虏叛军千余人，而叛军们仓惶自尽及投海死者不计其数。

在海上叛将：耿仲明，负责殿后拖住山东都指挥使司威海卫、登州卫、莱州卫、成山卫，四支水师明军的追击。

三天后叛将：耿仲明，才逃跑前去追赶孔有德，两人往东江镇与皮岛辖区避难，至此登州府孔李叛乱被平定。

另一边明东江总镇总兵：黄龙，得知叛军经过自己辖区时，当即就派遣了明东江镇水营游击将军：尚可喜，率领水师船队前去围堵叛军，但因追击叛军途中遭遇到了飓风，而导致部分船只失去了方向。

最终船只来到了登州卫码头时，又被明广宁左屯卫指挥使：祖大弼，坏疑是叛军余党，便下令士兵攻击。

打得尚游击措手不及，幸好明东江总镇总兵及时赶到搭救他们返回海上。

回到东江镇地界后，黄总镇总兵预计叛军们兵败后，有可能会从沙门岛、鼍矶岛、皇城岛，上岸去偷袭金州守御千户所、金州卫，因此早已传令将士们严阵以待。

还让明中协副总兵：周文郁，等将领配合对叛军穷追不舍。

3月10日，明军水师缴榜李氏朝鲜王国，要求李氏朝鲜平安东西道驻军，务必要拦截叛军北上联络东虏建奴的去路。

因此明军与叛军在鸭绿江卓山大战，击溃了叛军生擒叛军伪都司：毛有顺、毛承福、毛承禄、苏有功、陈光福，及其党高志祥等十六人，斩叛将：李应元，俘虏一千叛军，夺还妇女无数。

明东江镇水营游击将军：尚可喜，也因平叛有功，被提升为〔广鹿岛左参将〕。

3月13日，李氏朝鲜仁祖陵阳大君纯孝郡王：李倧，得知大明叛军游走于海防时，也暗自下令李氏朝鲜平安西道驻军出陆面出击，明军则在海上堵截，双方攻叛军于麻坨山。

两战皆大捷，吓得叛将：耿仲明，连忙派遣使者前去乞降，请修筑南关，以稳定辽东都指挥使司统治，表示自己愿意打头阵收复；复州卫、金州卫，地区以自赎。

但明东江总镇总兵不肯，认为这定是叛军诈降计，因此下令继续围攻，使得叛军们由西北逃遁，打算引起东虏建奴军队的反应。

眼下后金水师屯驻在马耳山下，扎营于镇江堡九连城内，明中协副总兵打算先发制人，派遣部将到马耳山下的下流，故布疑兵来个空城计，而且专等晚上天黑点燃火把引诱敌军。

很快东虏建奴闻讯，杀入空营内，明军则趁机点燃用事先准备好的枯草，使得整个军营火起，大雾让东虏建奴士兵不知去向，竟乱放箭自相残杀。

这事也惊动了李氏朝鲜平安西道都巡察使雒兴君：金自点，他亲自率军前来让李氏朝鲜吏曹左参议：李行远，奉书与明将交涉。

恰好此时后金使者正白旗牛录额真：他塔喇·英俄尔岱，来李氏朝鲜王国征收物资，就听说了九连城之事，还得知明军正在追击叛军，就致书李氏朝鲜郡王，请以叛将：耿仲明，送入后金军中为人质，并打算包庇孔有德他们。

为此明中协副总兵首先与李氏朝鲜雒兴君谈好了，抓到叛军将领一律送交明军处置，由于叛将：耿仲明，之前就曾投降过后金汗国，还官至千总。

还是从刘爱塔收复辽南四卫事件中，跟随辽民们一起逃回去皮岛的，他深知被抓回后金汗国可能会怕处死，因此自然是不敢轻易投降后金汗国。

这似乎也被后金天聪汗得知消息了，他连忙派兵前去接应，顺带收揽这支人马加入后金。

4月20日，叛军将领们带着家眷1万多人行军到鸭绿江口时，就与后金镶蓝旗和硕贝勒：爱新觉罗·济尔哈朗、后金镶白旗台吉：爱新觉罗·阿济格、后金镶红旗贝勒：爱新觉罗·杜度，率领的后金军相遇。

双方相遇当即就被要求剃发归降，面对前有东虏建奴骑兵，后有明军水师以及李氏朝鲜追兵的情况下，孔有德首先同意投降。

随后不甘心的耿仲明也只得放下面子剃发投降，因此后金军才喝退了前来追击的明军、李氏朝鲜平安东道宁边大都护府联军。

投降之后的孔有德与耿仲明，带来了后金汗国急需的船队、红夷大炮以及工匠，所以后金天聪汗对他们的投降极为重视，亲自率领诸贝勒们出盛京外十里迎接。