然而此事一出明天津三卫巡抚：郑宗周，变让明天津卫总兵：孙应龙，前去劝降，因为他与叛将：耿仲明，曾经是好友，可以写书信劝降。

却不曾想耿仲明将计就计，随便找了个人头送了过去，说他已经斩了明叛将：孔有德，还让孙总兵迅速来受降。

2月13日，地方都司衙门以及朝廷本来也同意诏安计划了，但怎奈明山东总镇巡按：王道纯，却私自藏匿了诏书，导致叛军们长时间求诏安不得！

不仅如此明山东总镇巡按还下令地方军，趁机袭击叛军，将乱事扩大化。

叛军们在登州卫竖起「替天行道」的大旗，他一面引诱辽东都指挥使司沿海军民加入，一面又向四周积极扩张，兵锋直指山东都指挥使司，另一处重镇〈莱州府〉。

因此叛军们就从登州府招远县入莱州府首府掖县、莱州卫，一带地区与守军抗战，新任的明登莱巡抚：谢链，与新任的明山东总镇巡抚：徐从治，等人一起防守。

这下可把赶到莱州府的明天津卫总兵高兴极了，但刚一入营就被叛将：耿仲明，给斩杀了！

3月12日，后金天聪汗趁着大明帝国内乱之际，第二次集结大军下令远征西部的漠南蒙古察哈尔部，还传令归顺后金汗国的漠南蒙古各部速率本部兵马前来汇合，一同出征。

3月21日，明山东总督：刘宇烈，联合明蓟州总镇总兵：邓玘、明密云中卫左参将：牟文绶，以及四川都指挥使司（川军与土司兵），等军队前往莱州府救援。

总计调集了援军2万5千人，外加6门红夷大炮，但明山东总督却不懂军事，居然逐次把兵力投向战场，犯了兵家大忌优势。

这还不算最糟糕的，待援军们走至北直隶顺德府沙河县，众将们以及朝廷均商议要安抚叛军，而这刘总督居然还用弱旅来运送红夷大炮。

结果在过了山东承宣布政使司东昌府进入济南府长山县时，就被叛军们绕到后方偷袭，截获了6门红夷大炮，这一炮没放就这样全都资敌了，大量的辎重、火器也都全被叛军们收缴。

叛军们还利用这些物资跟火器反击，打得明山东总督麾下的2万5千人，丢盔弃甲只剩6百余人逃到了青州府首府益都县、青州左卫境内与衡亲王府驻军打算下一步计划。

明衡宪亲王：朱常?，庶第三子明镇国将军：朱由棷，让援军们前去莱州府昌邑县议和，就连明莱州府推官：屈宜阳，也请求要入明叛将：孔有德，军营内议抚。

结果明叛将：孔有德，以礼相待这让明山东总督又以为叛军可以招抚，便请示朝廷，而叛军们则乘其不备，突然攻城导致明军大败！

4月10日，漠南蒙古科尔沁部、漠南蒙古内喀尔喀扎鲁特部、漠南蒙古内喀尔喀巴林部、漠南蒙古奈曼部、漠南蒙古敖汉部、漠南蒙古喀喇沁部（哈喇慎部）、漠南蒙古河套土默特部、漠南蒙古阿鲁科尔沁部、漠南蒙古翁牛特部、漠南蒙古阿苏特部，等漠南蒙古诸部的台吉、贝勒们汇聚于西拉木伦河岸。

再加上后金天聪汗本部主力军队，总兵力约有10万兵马。

此时后金镶黄旗麾下，两个漠南蒙古人偷马逃出，将后金天聪汗正率兵大军压境的消息报告给漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔），让他做好御敌准备。

不过眼下漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗刚入侵了大明帝国边界万全都指挥使司长城一带，正驻帐于万全都指挥使司宣府镇边外［归化城］。

他听说事情后非常震惊，因为大明信王崇祯帝：朱由检，拒绝贡赏导致漠南蒙古察哈尔部西迁以来实力大减，自己又入侵劫掠得罪了大明天子，少了友军的支持肯定招架不住后金蒙古联军进攻，而后金天聪汗这个老对手的儿子又穷追不舍。

因此为了保存兵力，漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗立即下令率部继续西奔，后方的后金天聪汗则率领后金蒙古联军，分兵三路穷追漠南蒙古察哈尔部41天。

4月16日，明叛将：孔有德，在攻打莱州府时，明山东总镇巡抚：徐从治，组织军队在平度州、昌邑县，一带驱除叛军，却在指挥作战中不幸被叛军炮弹击中要害牺牲殉国。

5月15日，后金天聪汗率领大军进驻到归化城时，在得知漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗已渡过黄河而去。

遂停止追击，转而下令攻打大明帝国万全都指挥使司从柴沟堡进入内地，过万全左卫、宣府前卫、宣府左卫、宣府右卫、保安州（保安卫）过延庆州走永宁县，避开永宁卫与延庆左卫彻底摆脱大明追兵，成功返回长城关外。

途中还收拢了漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗所部遗众数万人，迫使漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗亡命到朵甘都指挥使司（青海蒙古土默特部），在逃难过程中部众大量流失。