6月12日，得不到大明朝廷市赏的漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗情况非常糟糕，内部严重缺乏物资，因此决定发兵大举入侵山西行都指挥使司大同府，击杀守边军民数万人，差点就攻占了大同右卫边境长城地带。

明廷本欲以漠南蒙古右翼诸部来抵御漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗，但怎奈传令时漠南蒙古右翼诸部皆已覆灭。

恰好漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗也无意得罪大明，便在附近劫掠一番后下令撤退。

6月21日，明毅宗复起用前任明贵州总镇巡抚：朱燮元，为「南直隶兵部尚书」总督云南都指挥使司、贵州都指挥使司、四川都指挥使司、湖广都指挥使司、广西都指挥使司，五司军务移驻贵州承宣布政使司贵阳军民府新贵县贵竹长官使司负责招抚土司流民。

乃至广开垦田、恢复经济、占据险要，立营垒，充实军伍。

上任之后的明南直隶兵部尚书兼五司总督：朱燮元，立即征调云南都指挥使司滇军攻下沾益州乌撤后守御千户所直逼四川承宣布政使司乌撒军民府乌撒卫、四川都指挥使司川军则出兵永宁宣抚使司永宁卫，在攻下毕节卫。

而明南直隶兵部尚书兼五司总督自己则率兵驻扎在贵阳军民府新贵县贵竹长官使司陆广河巡检司地界。

首先由水西叛军首领罗甸大王：安邦彦，与永宁叛军首领大梁王：奢崇明，前来攻击明军阵地。

明南直隶兵部尚书兼五司总督就传令明贵州总镇总兵：许成名，率军佯攻败退故意诱敌深入，又另派兵三路捣其叛军老巢，再由明四川总镇总兵：侯良柱、明叙泸副使：刘可训，与叛军战于永宁卫。

后又与川军汇合，大破水西土司叛军。

7月初3日，朝廷得知东虏建奴军撤走后，朝廷经过商议后，还是决定让袁总督来担任辽东总镇经略的职务，因此朝廷政策又发生了改变。

在圣旨派发之前，袁总督就上奏朝廷选择要守土安民，因此宁远卫方面就出动了两万人北伐击溃，东虏建奴小队守军，再次修整广宁中屯卫工事。

等竣工完成时，就由明辽东总镇巡抚：毕自肃，负责验收完毕。

7月15日，明辽东总镇经略：袁崇焕，返回京城时，上疏陈述关内外兵事，明毅宗就在皇极殿平台内召见袁总镇经略。

在见面行作辑礼之后，袁总镇经略就声称自己可以用五年时间平辽？这让明毅宗大喜过望，还对此大加赞赏。

然而明兵科给事中：许誉卿，就询问袁总镇经略的复辽策略，但袁总镇经略却说，这只是安慰陛下的话？

因此明兵科给事中就说道“陛下英明，怎可随意应对？他日若按期限追求成效，你该如何是好？”

这才让袁总镇经略感觉自己失言了，便上奏说“五年复辽的计划不容易完成，陛下既然委托给了臣，那臣又怎敢随意推辞，这么艰难的任务，但五年内，户部转运军饷、工部提供器械、吏部用人、兵部调兵选将，必须朝廷内外事事配合，才能有所成功。”

于是明毅宗就让四部尚书们按照袁总镇经略的话照办。

但袁总镇经略还是害怕自己，去往边关以后，朝中难免会有人再次诽谤自己，便将此事告诉皇帝陛下，又在明礼部尚书兼东阁大学士：刘鸿训，等人的建议下，收回了被罢免的明辽东总镇经略：王之臣、明山海卫总兵：满桂，的尚方宝剑，将其转赐给袁总镇经略。

还鉴于此前明辽东总镇经略：熊廷弼、明辽东总镇经略帝师：孙承宗，都因为受到排挤陷害，而使自己的意愿难以舒展，便又上书称；恢复辽地的计策，不外乎臣往年所提出的以辽人守辽土，以辽土养辽人，防守乃是正规的策略，攻战是变通的策略，议和是辅助策略的说法，执法在循序渐进而不在突变猛进，在追求实效而不在贪图虚名，这是臣与诸边防官员所能做到的，至于选择用人的人，与被人用的人，都是陛下掌握其中的关键，怎麽才能用人而不三心二意，相信而不怀疑？因为驾驭边防大臣与朝廷大臣不同，军中可惊可疑的事特别多，只应当谈论成败的大局，不必摘取一言一行的细小过失。