但部分处分将领，由于才华横溢所以准许其将功补过。

如；明广宁卫指挥佥事：王世忠（纳拉·克把库），他是原海西女真哈达部贝勒：纳拉·孟格布禄，次子，在哈达女真部灭亡后，悄悄潜入大明帝国谋求恢复故地，被朝廷封为广宁卫游击将军，后因击退多次漠南蒙古守边有功升至（卫指挥佥事）此次广宁卫等地丢失他也罪责难逃，但被明蓟辽总督：王象乾，推荐保他一命，请封为「中军都督府都督佥书」。

这是由于明中军都督府都督佥书：王世忠，之妹嫁给了漠南蒙古察哈尔胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔）所以明宣府总镇巡抚：王之臣，就利用明中军都督府都督佥书与漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗的姻亲关系，打算将其调往万全都指挥使司宣府镇，用以结交漠南蒙古察哈尔部。

眼下更是成为了明辽东总镇经略的得力助手，因此又晋封为「中军都督府左都督」。

至于明辽东总镇监军：方震孺，他之前在朝就以（初生牛犊不怕虎）的姿态上奏称；当今陛下乃是个傀儡？言外之意就是指［明司礼监掌印太监：魏忠贤，干政］这点非常符合明辽东总镇经略的品味。

毕竟他早就痛恨阉党了，更何况孙总镇经略与他都是东林党门人，因此打算保释他，怎奈却明司礼监掌印太监先下手为强，直接指使阉党明刑部员外郎：徐大化，诬告明辽东总镇监军：方震孺［攘差］。

朝中的东林党队友，明吏部左侍郎：邹元标，为之力争，但明熹宗本来就是靠魏公公下令征收江南税负充实国库的，因此皇帝陛下是不会轻易动阉党的。

也正是因为阉党权势熏天，朝廷才没有道理可言，最终；方震孺、邹元标，皆被罢官，方震孺还以莫须有的贪污罪下了刑部大牢。

而废将明抚夷总兵：李秉诚（由于从浑河之战多次战败，故此不授其驻守任何卫所）准其戴罪立功、明广宁右屯卫副总兵：杜应魁，（被查贪污罪？）但不多可以戴罪立功，明广宁中屯卫左参将：贾祥，是在护送前任辽东总镇经略：熊廷弼、前任辽东总镇巡抚：王化贞，入山海卫关内时负责阻击后金追兵的有功可重用。

随后明辽东总镇经略就出发前往山海卫关外，巡行边塞，由明广宁前屯卫兵备道佥事：袁崇焕，就向明辽东总镇经略请示道“在宁远卫驻扎五千兵力，以壮十三山驿的声势，然后在派遣将领们带兵去救援十三山驿，而宁远卫距离十三山驿只有两百里地，可以轻易占据广宁中屯卫，如果不行再退守宁远卫，不可放弃十万难民！”

于是明辽东总镇经略就与明蓟辽总督：王象乾，商议情况，但明蓟辽总督却认为驻扎在山海卫的军队刚刚打了败仗，士气正沮丧着，不如调动漠南蒙古察哈尔部护关的军队三千人前往宁远卫与其地大明驻军防守。

此举被同意后，一方面调兵前往宁远卫，一方面前去救济灾民，然而救援却失败，十万难民只救回六千人。

明辽东总镇经略对此就询问明兵部尚书：王在晋，说道“八里铺新城修筑好以后，是不是要将旧城的兵马，移调四万人前来驻守？”

而明兵部尚书则说“应该另外设立一支四万人的军队。”

但明辽东总镇经略却说“这样一来，八里铺就有八万兵马了，那广宁前屯卫一片石西北就不派兵驻守了吗？在八里铺内修筑重关，新城后面就是旧城山海卫了，如此一来山海卫旧城前面埋的地雷，这是用来对付敌人的？还是用来对付自己新兵的？新城如果可以守的话，还用得着旧城吗？新城要是不能守，四万守兵倒戈，你是打算开关放敌人进来，还是闭关投降敌人？”

面对这话明兵部尚书解释道“山海卫关外，有三道关可以进入。”

可明辽东总镇经略就说“如果这样的话，假如敌人兵临城下，我军士兵们还像先前那样逃跑，哪里还用得上重关？”

对此明兵部尚书就说“准备在山上建三座营寨，用来监督防止士兵们溃逃。”

不过明辽东总镇经略依旧反驳道“士兵还没有溃败，就修筑营寨等待他们，你这不是在教士兵们逃跑吗？况且逃跑的士兵可以进来，那敌人也就可以尾随他们进来，你现在不为恢复做打算，却在这里闭关自守，把关外防线全部撤离，还天天在朝廷内争斗，京都以东还有安宁之日吗？”

面对孙总镇经略的指责，让明兵部尚书无话可说！

随后明辽东总镇经略：孙承宗，就召集诸将们商议，在关外防守的问题，明广宁前屯卫兵备道佥事：袁崇焕，首先主张驻守宁远卫、明山海卫监军副使：阎鸣泰，则主张驻守觉华岛，而明兵部尚书：王在晋，反而主张驻守广宁中前守御千户所。

最后明辽东总镇经略还是采用了明广宁前屯卫兵备道佥事的建议，上奏撤王尚书官职，但被明熹宗给调任为南直隶兵部尚书，并由孙总镇经略亲自出关镇守宁远卫。