当然后金复州卫总兵也因为处理这个事情得罪了，一批后金八旗子弟，他们就认为后金复州卫总兵故意包庇大明汉人军民！

此矛盾还不断升级，最终导致了后金复州卫游击将军：单荩忠，不服从他的管理，斩杀了招降人，并聚集了四万不愿意剃发者准备响应毛家军。

后金复州卫总兵得知后大怒，但也不想贸然出兵得知辽人，就上报后金覆育英明天命汗，让他下令派兵征剿。

单游击将军自知不是后金的对手，连忙将城中百姓，全部迁渡到长山岛去躲避，东虏建奴贼兵追来时，因不善水性，又遇风浪打坏两艘船只，淹死了许多人，便不敢继续追击。

只得让后金二等总兵：佟养性、后金三等总兵：李永芳，配合后金二贝勒他们同取镇江堡。

此时明定辽右卫副总兵：毛文龙，正在镇江堡内招降纳附，只见夜不收探马来报，有奴酋已收金盖复三卫军民，单游击将军已退入长山岛中。

听闻消息后毛副总兵仰天长叹道“这贼是断我归路，剪我羽翼，不久就来攻我部了。”

于是连忙吩咐城中百姓，有愿归降大明的，可即刻收拾行李，暂赴各岛屿安插，着明莱州卫守备：苏其民、明麻羊岛都司：张盘、明天津卫百户：李景先，分投船只装载，把百姓们散入猪岛、獐子岛、广鹿岛，等各处岛屿。

城中携儿挈女，担笼挑箱者络绎不绝，均有明军护送，还不许百姓自相抢劫，又行牌各船，火紧装载，不许索钱钞。

这时后金两位贝勒以及两位总兵相继追来，装有攻戎炮，又有铁骑数万，把镇江堡围成铁桶一般，口口声称要捉拿毛文龙，砍头祭旗。

城中军民，有二万余人被运送至各岛，又有二万余人跟随毛副总兵逃去了李氏朝鲜王国，在城中的，只有老弱病残以及一些不原去的，再加上部分开城献功的。

然而大家并不知道后金二等总兵：佟养性，恨毛副总兵拿了他兄弟，眼下入城后又怪这些人反覆，今日降明、明日降夷，竟直接不分青红皂白就带着部下们一通乱砍，把城中老少尽数杀光，城内房屋几乎都被烧毁。

在明定辽右卫副总兵本部明军撤走后，而他也仅仅是带走了约为两三万人的难民和百姓，更多的辽东都指挥使司汉民们却俨然进入了人间地狱，包括镇江堡在内的所有归顺明军的城镇、堡垒，均无一例外的被后金军队给屠城。

仅镇江堡一地被屠戮的百姓，就有多达三万人之多。

之后再去追击毛家军时以无踪影，只从沿途百姓口中得知有大批明军往东过鸭绿江逃去，后金方面立即准备船只，还写信通知李氏朝鲜王国。

这一期间李氏朝鲜郡王光海大君：李珲，在「萨尔浒之战」惨败后，对后金军可谓是有几分忌惮，所以收到书信后便决意联络后金，因而在明定辽右卫副总兵退到李氏朝鲜王国边境之时，便立即派遣了李氏朝鲜平安西道节度使：郑遵、李氏朝鲜宁边大都护府使：朴烨，等引军出击，配合后金军，在鸭绿江、长白山一线追缴毛家军的小分队。

敌众我寡险境之下，明定辽右卫副总兵率部与优势后金军、李氏朝鲜军展开了海战和丛林游击战。

最终李氏朝鲜平安西道节度使、李氏朝鲜宁边大都护府使引后金军包围毛家军于林畔馆附近，双方进行了激烈战斗，一日七战，死伤相当。

其中明天津左卫副千户：丁文礼、明镇江堡守备：吕世举、明天津右卫号角官：李国保、明镇江堡千总：韩世卿、侄子明定辽右卫总旗：毛承儒，等将领力战而死。

还让明定辽右卫旗鼓官：刘印科、明登州卫旗鼓官：马蹶，被擒壮烈牺牲，但后金军也蒙受了很大损失，被迫撤兵。

事后明定辽右卫副总兵探得建奴贼兵已退去，李氏朝鲜林眯馆一带尸横遍地，不是断脚，便是无头！这些追随而来的大明百姓，有的在被围时出走，有的躲在深山里隐居，也有的逃不了干脆就混在死尸当中，剩的不下万余人。

待处理好战死军民尸体后，明定辽右卫副总兵就去平安西道义州府，写书信痛骂李氏朝鲜平安东西道边防将领潜通奴酋，引兵杀害大明将领。

又送奏折去李氏朝鲜议政府，指责道“大明李氏朝鲜郡王背弃朝廷平倭之厚恩，却暗通东虏建奴，一起残害大明军民，还企图杀害本部麾下大明将吏。”