在倭寇逃遁归国后，除了明御倭副总兵：刘綎，收留了5百倭军编入本部火铳队之外，其余留在李氏朝鲜王国的倭军要么被杀、要么投降明军加入队伍。

而东征的大明军队本应无战事之后撤回国，但是李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昿，唯恐倭奴积威，再度报复？

于是上奏朝廷表示要苦留大明军队善后，朝廷经过商议决定留明都察院右副都御史兼朝鲜经略：万世德，与明义州卫镇抚使：李亟勋，率三千士兵继续驻守李氏朝鲜王国，其余明军全部调回大明帝国。

12月20日，在大明帝国南方，明四川巡抚兼都察院左佥都御史：谭希思，正在重庆府綦江县、泸州合江县，一带设防拦截杨氏叛军，分别在合江县与綦江县各置游击将军一员，合江县募兵一千二百人扼守冈门，綦江县募兵二千人，扼守安稳。

怎奈前任明播州宣慰使：杨应龙，直接下令让明下赤水里长官：袁鳌，绕开守卫明军，兵临合江县城下，抓捕出卖杨氏投降明军的前任明下赤水里长官：袁子升，处于凌迟之刑。

此事引起了上下赤水里土司袁氏宗族的反对，要求前任明播州宣慰使撤掉袁鳌之位，改由袁子升长子：袁年，继任下赤水里长官。

刚刚即位的明下赤水里长官：袁年，对于自己的杀父仇人近在咫尺却不能报仇，因为有杨宣慰使的包庇，故此明下赤水里长官密切联系着上下赤水里相近的仁怀里王氏土司，打算监视播州宣慰使司的一举一动。

接着又命令士兵前去攻打，之前弹劾自己的明草塘安抚使：宋世臣，父亲：宋銮，以及明黄平安抚使：罗承恩，等人，现藏在偏桥卫城内。

于是播州叛军就袭击了偏桥卫，还向明偏桥卫指挥使：陈天宠，索要城中之人，得到宋銮、罗承恩及其下子女，惨遭杀害。

在令诸苗士兵当着父亲之面奸淫 女儿，或者当着夫君之面淫 妻，或裸体坐在木丛中射箭取乐。又或者烧蛇入阴转腹，人蛇俱死！还掘坟墓焚尸。

12月28日，明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）提前第五次来到京城朝贡大明天子，讨要文武百官以麻痹朝廷与辽东都指挥使司的怀疑，方便下次继续攻打其余女真各部。

明万历二十七年公元1599年2月初7日，明贵州巡抚兼都察院右佥都御史：江东之，下令明永宁卫都司：杨国柱，明永宁卫指挥使：李廷栋，率兵三千剿播州宣慰使司。

叛贼首领：杨应龙，派遣长子：杨朝栋、弟弟：杨兆龙、叛贼大将：何汉良，等迎敌设伏于飞练堡。

明军一鼓作气歼灭三百叛军，结果叛军佯装败走天邦囤，诱导明军进入包围圈歼之，被俘后明永宁卫都司：杨国柱，与明永宁卫经历使：潘汝资，骂贼不屈被处死。

2月21日，海西女真哈达部发生内讧，叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，趁机劫掠哈达女真部。

这让哈达女真部贝勒：纳拉·猛骨孛罗，紧急向明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）求援，并表示愿将三个儿子送到建州女真八部作为人质，只请求建州女真三卫出兵击退叶赫女真部。

明建州左卫军民指挥使认为此乃天赐良机，便立即同意出兵。

而叶赫女真部西城贝勒：纳拉·布扬古，得知此消息后，又马上给哈达女真部贝勒写了一封信，表示愿将妹妹叶赫女真部东城格格：纳拉·布喜娅玛拉（汉名：东哥）嫁哈达女真部贝勒，只要他抓住明建州左卫军民指挥使就行。

哈达女真部贝勒听到自己能娶叶赫女真部东城格格的消息后，他立即改变了主意，设计抓捕明建州左卫军民指挥使。

然而明建州左卫军民指挥使闻讯后再发重怒，当即发兵讨伐哈达女真部，很快哈达女真部城门就被攻破了，哈达女真部贝勒被擒。

但却没杀他，而是获赦，暂居住在赫图阿拉城，海西女真四部中曾经强大的哈达女真部宣告灭亡！

之后明建州左卫军民指挥使还采用蒙文，为建州女真八部语言配上字母，由于海西女真各部的衰弱，明建州左卫军民指挥使还主动发兵进攻东海女真渥集部。

3月初8日，明神宗：朱翊钧，启用前任明兵部右侍郎兼都察院右佥都御史：李化龙，总督四川承宣布政使司、湖广承宣布政使司、贵州承宣布政使司，三司军务，赐「尚方宝剑」号令调集天下兵马，用以进剿播州宣慰使司，并命明都察院右副都御史：郭子章，一起合力备战。

5月11日，朝廷调集了；四川都指挥使司、贵州都指挥使司、云南都指挥使司、湖广都指挥使司、广西都指挥使司、陕西都指挥使司、浙江都指挥使司、陕西行都指挥使司、河南都指挥使司、山东都指挥使司、万全都指挥使司、山西行都指挥使司，等地的明军精锐总计17万余人直压播州宣慰使司四境内。

待按其部署调足24万大军后，即开始了进剿准备，近邻重庆府綦江县还调集了三千兵，由明重庆卫右参将：房嘉宠，作为先锋捕杀了播州宣慰使司叛军三十人。

6月14日，叛贼首领：杨应龙，得知大战迫在眉睫，便积极谋划准备，又在播州军师：孙时泰，的建议下提但“应乘朝廷大军尚未集结之际，宜先破重庆府綦江县，直捣成都府，劫蜀亲王为质。”