5月16日，明刑部右侍郎：吕坤，上贡《天下安危疏》请求明神宗：朱翊钧，节省费用，停止横征暴敛，以安定天下人心。

于是明吏科给事中：戴士衡，就上疏，弹劾明刑部右侍郎所撰的《闺范图说》、又上奏称《安危疏》是「包藏祸心、结纳宫廷」逢迎明郑皇贵妃：郑妙瑾，之举。

然而明刑部右侍郎疏辨，明神宗却不问。

不久又有人为明刑部右侍郎的《闺范图说》写一跋文，名为《忧危竑议》在京师境内广为流传，大意上说；吕侍郎撰写的《闺范图说》独取东汉明帝显宗明德皇后：马楚，为由因东汉明德马皇后是从贵人身份进中宫，意指明郑皇贵妃。

此等献媚之事，让明国丈：郑承恩，决定重刊此书，目的是为了立己之子明皇三子：朱常洵，为皇太子。

又说；吕侍郎疏言天下忧危，无事不言，惟独不谈及立皇太子之事，用意不言自明，又诬；吕侍郎与明国丈等相勾结，同盟结纳，羽翼明郑皇贵妃之子。

在明吏科给事中上疏之前，明全椒县知县：樊玉衡，也曾上疏请立明皇长子为皇太子，并指斥明郑皇贵妃。

这使得明国丈为此大惧，并怀疑《忧危竑议》出于樊、戴二人之手，遂奏报明神宗。

当即就让明神宗大怒，明郑皇贵妃也为此泣诉不已！明神宗为了掩盖朝廷内部斗争，下令逮捕樊、戴，经过严刑拷掠，分别摘戍广东承宣布政使司雷州府和廉州府，而吕坤时已因病致仕回家，才置之不问。

6月初7日，明都察院右佥都御史兼朝鲜经略：杨镐，被罢职候查，以明天津三卫巡抚：汪应蛟，代理经略李氏朝鲜王国军务。

然而明兵科右给事中：张辅，却上书陛下，请求明保定府巡抚：万世德，与明天津三卫巡抚：汪应蛟，互换职务，恰好明保定府巡抚也愿意受命，便驾驶舟船揖渡江，北上入辽东都指挥使司地界。

另一边在杨经略被调还回大明帝国之时，从李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，至平民百姓们皆恋恋不舍，李氏朝鲜郡王还亲率百官们泣泪迎送于汉城府弘济院，城内军民男女重髫戴白，皆出送至郊外，诸臣以诗为别，表达了李氏朝鲜军民们深觉惋惜之情，并为杨经略受诬而纷纷不平！

随后明保定府巡抚兼朝鲜经略：万世德，来到李氏朝鲜王国与明蓟辽总督：邢玠，商议征讨倭寇之策。

同时命明南直隶都察院右佥都御史兼操江提督：蓝元，与明中军都督府左都督：董一元，出兵中路、明宣武卫游击将军：茅国器，等将领负责辅佐和策应、明备倭总兵：麻贵，出兵东路，明大同右卫副总兵：王生，等将领负责辅佐、明御倭副总兵：刘綎，出兵西路，明泉州府副总兵：吴广，等将领外加李氏朝鲜都元帅：权栗，负责辅佐、明福建副总兵：陈碑、明水师提督：陈璘，出兵水路，明松门卫游击将军：季金、等将领负责辅佐。

明军分兵5万并进，以明备倭总兵攻打蔚山都护府，明中军都督府左都督、明御倭副总兵，分别负责进攻尚庆左道泗川县、全罗左道顺天都护府，各路明军直逼尚庆左道庆州府釜山浦。

其中明军生擒并斩获幕府俊寇大将：平正成，等五名，杀幕府右兵卫少志：平义，智擒幕府武士加倭兵二千二百四十八名。

还招回李氏朝鲜军民妇女五千六百余名，焚烧倭船七百余艘，获得粮米二万五干九百余包，牛马械器无数，朝廷赏银八千两，赐红锦飞鱼服给武将们世袭。

并命明兵科左给事中：徐观谰、明朝鲜监军尚庆左右道：陈效，核实情况奏报朝廷，还晋升明朝鲜经略：万世德，为「都察院右副都御史」荫封一子入世代官籍。

同时幕府冈山藩左卫门督：小早川秀秋，等部7万多人回国休整，仅留幕府第一军左副将：加藤清正、幕府第五军下参议：岛津义弘，等6万4千人防守李氏朝鲜王国占领区。

7月22日，年老体虚的幕府从一位太政大臣：丰臣秀吉，在京都伏见城，召见五大老既（幕府从二位权大纳言：前田利家、幕府从三位中纳言：宇喜多秀家、幕府从三位权中纳言；毛利辉元、幕府从三位参议兼权中纳言：小早川隆景、幕府下参议兼少纳言：上杉景胜）以及幕府内大臣：德川家康，包括五奉行既（幕府京都所司代兼弹正台弹正少弼：浅野长政、幕府大奉行兼任堺町奉行：石田三成、幕府丹波龟山藩兼民部卿法印：前田玄以、幕府大藏卿：长束正家、幕府式部卿：增田长盛）

另由〈三中老〉幕府高松城主兼赞岐国藩主：生驹亲正、幕府从五位下带刀先生兼出云国松江藩主：堀尾吉晴、幕府式部少辅：中村一氏）负责五大老与五奉行之间的协调与沟通。

幕府太政大臣要求他们一起辅佐，自己的幼子：丰臣秀赖，其根本目的是要以合议制度来抑制幕府内大臣的抬头，以确保丰臣政权可以代代相传。

8月18日，交代完后事之后幕府太政大臣：丰臣秀吉，便在京都伏见城死去。