随着越前一国、加贺江沼郡被上杉将军家一举兼并后，上杉氏虎就对协助己方攻略越前一国的平泉寺、专修寺、黑目称名寺、胜曼寺等寺院颁下感状，表彰他们的功绩，并赏赐对这些寺院各赏赐一百两黄金。

同时，上杉氏虎为了震慑越前、加贺两国的一向宗信徒，就下令将搜捕到的下间赖继、下间赖全、黑崎源五郎等石山本愿寺坊官、一向一揆众首领等二十余人尽数押至九龙头川南岸斩首示众。之后，他就将这些首级送往石山御坊外，令围城的今川氏定派人徇首绕石山御坊一周。

这一做法其实也是一个重要信号，那就是上杉将军家与一向一揆众之间已经完全不存在和平共处的可能，上杉将军家绝不会允许国中之国的出现，更不会给予一向一揆众休养生息、重整旗鼓的机会。

因此，上杉将军家在兼并越前一国以及加贺江沼郡之后，就腾出手来可以再度调集大军攻打石山御坊，计划一劳永逸解决盘踞在南摄津的一向宗问题。

元龟二年，八月二十日。

下间赖廉、下间赖康、下间仲之、下间赖龙等石山本愿寺高层因石山御坊之中粮草即将告罄，以及见城外围城的上杉军数量锐减后，便有了主动出击的想法。

首先，下间赖廉就率一万余一向一揆军与石山御坊西面的井尹直绪所部交战。

井尹直绪并没有倾尽全力与一向一揆军交锋，反而是率部稍稍退却，与邻近的朝比奈信置、朝比奈泰朝、冈部元信等部合流，共同坚守阵地，坚壁不动，使得一向一揆军无法取得进展。

此时，今川氏定派遣饭尾连龙、加贺爪政丰等部从侧翼向一向一揆军发起突袭，意图直接拦腰斩断一向一揆军。

下间赖廉见无力突破上杉军的阵地后只能率残部退回石山御坊之中，其反攻也以失败而告终。

此战之后，今川氏定为了加强石山御坊西面的防线，就从自己的领国之中调大泽基胤、小原镇实、安井定重等将归井尹直绪节制。

虽然下间赖廉率军向上杉军发起反击失败了，但他并不甘心，在第二天就趁着大风再度率军出城向上杉军发起突袭。

但这一次上杉军有了之前的经验，直接以大量铁炮、大铁炮、手铳等火器，直接对出城一向一揆军造成重创，自常乐寺证贤、定专坊了显、上原织部、八木骏河守、下间大进等数名一向一揆军有力武将以下三千余人先后丧命于上杉军的火器之下，下间赖廉为了减少损失，只能再度退回石山御坊之中。

此时的上杉军已经占据了绝对的优势。败退回石山御坊的下间赖廉也明白己方很难突破上杉军在石山御坊外构建的阵地，而播磨的一向宗信徒也无法通过海路为石山御坊输送粮草辎重。

此后，今川氏定在获得了三门佛郎机炮后，不断对石山御坊发起轰击。

从八月下旬至九月中旬，这时的石山御坊已经俨然一副地狱景象——城中粮草断绝，互相杀食，人用黄泥细者，以人油炸而食之。