另一方面，足利义昭认为清水寺不适合自己处理政务以及接待诸大名使者，就搬至六条本国（圀寺。同时，他还催促织田信长尽快将二条御所进行重建。

与清水寺相比，本国寺拥有东西2町南北6町的广阔寺域。

对于足利义昭重建二条御所的要求，织田信长并没有拒绝，就令家臣织田左近、津田左马丞等人为普请奉行，对毁于战火的二条御所进行重建。

之后，足利义昭见‘上杉谦信’、织田信长、浅井长政等有力大名皆没有染指山城的意图后，感到非常高兴。因为，自己一方面不用时时刻刻看他人脸色度日，另一方面还能逐步恢复征夷大将军的实权，从而达到振兴足利将军家的目的。

于是，足利义昭就开始大肆封赏追随自己的有功之臣以及合得来的国人领主——摄津一国一分为三，由芥川山城城主和田惟政、尹丹城城主尹丹亲兴、池田城城主池田胜正三人并为摄津三守护；细川藤孝受封山城胜龙寺城城主，并担任山城守护代；亲信幕臣山冈景友受封山城木津城城主，并担任山城守护；明智光秀受封山城小泉城城主，并担任侍所所司代；松永久秀仍为信贵山城城主，并担任大和守护；三好义继遥领澹路、阿波两国守护；足利义辉时期幕臣摄津晴门担任政所执事······

经过一系列的人事、行政安排后，足利义昭算是把幕府的架子支棱起来了。但是，他忘了三好一族意图恢复在京畿诸国霸权的执念。

足利义昭认为三好家已经败退至四国，而且和泉、河内、纪尹等国还驻有十余万的上杉军，可以随时对自己进行支援。于是，他就为了确保山城一国的安全，就派遣和田惟政、细川藤孝、上野秀政、曾我助乘等奉公众协同松永久秀、三好义继对逃入大和深山之中的筒井顺庆进行持续打击，还不忘令上杉军从旁策应。

就在足利义昭还在京都进行安抚人心，稳固自身统治之际，败退回四国的三好三人众、三好长治、筱原长房等人也没有闲着，他们无时无刻不在谋划反攻京畿诸国，恢复三好家曾经在京畿诸国的霸权。

三好三人众、三好长治、筱原长房等人在得知织田信长、浅井长政等有力大名已经率军返回了本领，就连上杉军也是分散在河内、和泉、纪尹等国，甚至还被足利义昭要求进入大和攻打不断逃亡的筒井顺庆，这就让他们不禁喜出望外。

很快，三好三人众就暗中调略了摄津高槻城主入江春景、茨木城城主茨木重朝、多田城城主盐川长满、三宅城城主三宅出羽守多名等国人领主。就连藏匿在界町的斋藤龙兴、长井道利等人也表示愿意助三好家一臂之力。

而斋藤龙兴、长井道利等美浓斋藤一族之所以会主动去与三好家搭上线，还是因为界町会合众不愿真的受制于上杉家，至少明面上他们还不敢与上杉家为敌。

会合众认为只有让三好家重返京畿诸国，界町才能恢复到从前那样不被任何大名管辖的日子。故而，他们不亲自出面，而是利用流亡至界町的美浓斋藤一族去协同三好家并肩作战，就算失败，上杉家也不可能将罪名扣在会合众的头上。

正所谓若要人不知除非己莫为。

会合众的想法是不错，但是他们并不知晓自己的一举一动早就被上杉家御用忍者轩辕众、户隐众严密监视着。