经此一役后，一向一揆众诸将再也没有人提出要出城迎战上杉军了。在一个月之后，火宫城内的一向一揆军就因为断绝粮草而饿死了十分之七八。

天文二十一年，三月三十日。

上杉军对火宫城发起了勐攻，由于长时间的缺粮而疲惫不堪的一向一揆军连武器都拿不动，更不要说让他们站起来迎战凶神恶煞一般的上杉军了。

很快，小岛贞兴就率先带着虎捷军一百名步卒攀上火宫城三之丸，几乎没有遇到任何抵抗，就顺利的将大手门打开了。

随着上杉军如同潮水一般涌入火宫城后，便对城内仅剩下的一向一揆军挥舞着屠刀。还不到一个时辰的时间，上杉军便将火宫城攻落。

而走投无路的杉浦玄任、瑞泉寺证心、胜兴寺显荣、杉谷四郎左卫门、愿成寺连寿、若林长门守、黑濑扫部允等加贺、越中两国一向一揆众重要首领皆在混战之中被上杉军所讨取，无一人逃出火宫城。

从天文二十年十二月开始的这场越中纷乱至此结束,历时三个多月。

之后，饭久保城城主狩野良政、木舟城城主石黑成纲等原先站在一向一揆众一方的西越中国人领主们纷纷向上杉军投降，并且主动担任上杉军的先导役，攻入砺波郡。

由于先前西越中的一向一揆门徒众们大都前去追随瑞泉寺证心、胜兴寺显荣等人出阵越中腹地，导致留守在瑞泉寺的瑞泉寺显秀（瑞泉寺证心之子手中兵不过千，根本无法抵御兵锋正盛的上杉军。在万般无奈之下，瑞泉寺显秀就只好放弃瑞泉寺，仅带着坊官、僧兵等百余人逃往加贺避难。

瑞泉寺显秀趴在马背上昼夜奔逃，就算进入加贺国境之后，依然还是觉得不放心，于是又仓惶而逃，五天后他才奄奄一息的抵达尾山御坊外。

为了保全家名存续，狩野良政、石黑成纲等西越中国人领主在攻入砺波郡一向一揆领是极为卖力。胜兴寺（净土真宗本愿寺派、瑞泉寺（净土真宗大谷派、土山御坊、高木场御坊等一向宗寺院先后被狩野良政、石黑成纲等人破却。

不仅如此，寺院周边的寺内町所有街屋也被尽数焚毁，仅剩下的一向一揆众治下领民也被政虎下令强行迁至颈城郡，许可他们不用改宗。

至于神保长职、神保氏张、神保觉广等之前放弃居城逃至宫崎城的越中诸将，政虎也没有因此责怪他们，还是让他们重返旧领，功过相抵。

天文二十一年，四月十日。

政虎决定趁着己方士气高涨，继续率军西进，准备给加贺一向一揆众一点颜色看看。

随后，上杉军便乘胜连克龙之峰城、原城、竹桥城、津幡城等地，一路攻入了加贺腹地，兵临尾山御坊城外。

由于杉浦玄任将加贺半国的一向一揆门徒众带走进入越中，结果导致杉浦玄任兵败之后北加贺守备空虚，根本无力抵御上杉军的侵攻。尾山御坊里的七里赖周、下间赖总、下间赖清等人只能眼睁睁看着周边一座接着一座城池、寺院被上杉军攻落，而无能为力。

最后，政虎因北加贺的传灯寺、弘愿寺、木越光德寺等寺庙还在一向一揆众的手中，便无法全力对尾山御坊发起勐攻，便只能放弃这个一举覆灭北陆道诸国一向一揆众巢穴的机会。

随后，政虎就收兵返回了越中。而固守在尾山御坊的七里赖周、下间赖总、下间赖清等人完全不敢主动出城追击，只好放任上杉军顺利退回了越中。