“三王并封”虽然平息，但王锡爵感觉压力实在太大，自己一个人难以支撑，于是上疏希望皇帝能放他告老还乡。

万历帝看到王锡爵要撂挑子不干，马上派文书官潘朝用到内阁，传达他的谕旨：“卿为首臣，既知朕心，又何避怨？亦来迫其豫教！”

万历二十一年（1593年十一月十九日，慈圣皇太后寿辰。万历帝在久不临朝后，破例到皇极门接受百官祝贺，礼毕后，又在皇极殿暖阁单独召见了王锡爵。

这次召见，王锡爵再次提及册立之事，万历帝终于作出一丝让步，同意皇长子朱常洛在册立前先出阁讲学。随后，万历帝命内承运库太监孙顺估算出阁礼仪所需开支。

孙顺摸透了万历帝的心思，深知皇帝并不太乐意为皇长子办出阁礼，便阿附圣意，开出了一张令人瞠目结舌的账单，各项支出总计不下数十万两银子。

户部、户科看到这份账单，认为开支过大，主张节省。

万历帝抓住这一把柄，立即传谕内阁，借口皇长子出阁礼所需费用问题，“若如该部、科言其过费，出讲少俟二三年，册立一并举行，庶可省费”。

户部见此，只得以出阁大典为重，遵旨筹办。

万历二十二年（1594年二月初四，皇长子出阁讲学，但以尚未册立为皇太子为由，侍卫、仪仗一切仪注，从简从略。

皇长子朱常洛这才向太子的目标迈出了艰难一步。

这边，册立之事刚有了一个好的开始，那边，内阁与部臣之间又开始了水火不容。

户部官员赵南星与孙鑨负责考核京官，两人秉公罢黜了一些不合格的官员，这其中既有前首辅赵志皋的弟弟，也有王锡爵的旧属。为避免谠争之嫌，连孙鑨的外甥吏部文选司员外郎吕胤昌、赵南星的姻亲都给事中王三余也一同遭到斥黜。

不过令人万没想到的是，两人的激进手段引发了躲王锡爵身后的一系人马的报复。三月，言官以拾遗弹劾吏部稽勋司员外郎虞淳熙、兵部职方郎中杨于庭、主事袁黄。以上三人皆为京察力推的人选。孙鑨上疏力保虞淳熙和杨于庭，仅同意将袁黄罢免。

刑科给事中刘道隆在内阁授意下，弹劾吏部“曲为解说，仅议一袁黄而止，非体”。

万历帝下旨切责，孙鑨对此自辩：“淳熙，臣乡人，安贫好学。于廷力任西事，尚书石星极言其才。今宁夏方平，臣不敢以功为罪。且既名议覆，不嫌异同。若知其无罪，以谏官一言而去之，自欺欺君，臣谊不忍为也。”

万历帝认为孙鑨等人结谠专权，拒不认错，加上内阁拟职以辩护为名暗指赵南星“是已非人，抑扬太过，致招訾议”，最后导致孙鑨罚俸、赵南星连降三级。