八月二十二日，倭军还未完全撤走，汉城就爆发了瘟y。城内“男女牛马虽同处死骸，收之无人，而臭气掩天塞地。阵其中，而自七月至八月，天气炎热，臭气弥增，被侵臭气，人皆病死毕”。倭军的残暴让王京变成了一座满地尸骸的死城，倭军在城内驻军，又致使军中瘟y流行，“而倭且乏粮，众多生疮”，“士卒逢疟疠而死者殊多”，造成了大量非战斗减员。

八月二十四日，倭军撤离汉城，宋洲得知城中不“净”，并没有立即派兵进入。王世子李珲顾不得那么多，再三催促都巡察使李元翼率军进入王京。

此时，城中遗民百不存一，且“饥羸疲困，面如鬼色”。城内屋舍仅崇礼门至南山一带因有倭军驻屯尚有保存，大街以北的阁殿馆舍皆被焚荡一空。李朝王族宗庙也被宇喜多秀家放火烧毁，其原因据说是宇喜多秀家在此驻扎之时，“夜间多怪”，士兵住在宗庙内，“往往暴死”，倭军认为宗庙有灵，不可久住。

二十七日，李珲率领李朝百官进入汉城，目睹城中残破，众人在焚毁的宗庙前痛哭。随后又有官员报告宣、靖陵被倭军破坏的消息——宣陵已被倭军挖空，靖陵中先王的遗体也被扒去衣服，抛尸在外。李珲听此，连日“上出阙庭，率百官举哀”。

感觉遭受奇耻大辱的李朝将领旋即找到宋洲，要求宋洲撕毁与倭军达成的初步和约，尾追再战，一雪果耻。被宋洲以无船渡河为由，搪塞了过去。

擢升为全罗道巡察使的权栗见宋军不肯为李朝出头，打算集结军队自行渡江南下追敌。为防止李朝的追击行为坏了自己的大事，宋洲紧急命令第二师收拢汉江江面的船只。权栗半夜试图渡江，被宋洲侦骑押解至水原城。巡边使李薲、防御使高彦伯也试图渡江，但军队被宋军列阵阻拦在汉江边，先锋将边良俊遭兵士锁拿，李薲则被第二师就地关押。高彦伯部当天中午行至半路，被第二师第一团阻截，高彦伯被带离军队，看押在水原城。在汉城近郊试图追敌的李朝军队，均被宋洲下令解除了武装。

别看权栗闹得起劲，其实在倭军整整半个月的撤离行动中，沿途忠清道、江原道、庆尚道的李朝义军全部装聋作哑，不敢有任何行动，生怕被倭军发现。

李朝百官哭完闹完，终于有人记起“恭迎王上李昖回京”之事。

李珲如今对这种独掌大权的感觉心中暗爽，怎会愿意重新受人摆布，即使是他老爹也不行。在柳成龙的劝说下，李珲立刻换上了一副忠孝的面孔，于八月末派人前往定州，恭迎李昖回京。

定州方面。林巨正借着倭军进兵，李朝军队调动的时机，已完成了对平安道与咸镜道关键要隘的控制，同时借着“通倭”的名义，在两道铲除了一些顽固的地主与官员，将田地强制赎回，永佃给当地百姓。两道百姓面对这支军队的善举，爆发出了喜迎王师的热情，一些暗中与林居正抵抗的两道官吏正是在地方百姓的引领下，被彻底清理。

恭迎王上的队伍来到定州，林巨正没有理由再继续视之不见，随即便将李昖与一帮朝廷官员释放。

临海君李珒对林巨正恨之入骨，在返回汉城的前夜，醉酒时对左右戏称，一旦回到汉城，必会想方设法置其全家于死地。林巨正听到这个风声，命其子林允武在李珒返回平嚷的途中，凿沉船只，送其沉入了大同江江底。

事后，林巨正才向宋洲报告了此事。不过是个王子罢了，死了就死了，宋洲并不在意，不过东北总督府还是派人对林巨正这种意气用事的行为进行了敲打。林巨正借此向宋洲提出“告老还乡”的想法，表示今后的事业自己的两个儿子能够继承，总督府遂同意继续给予林家支持。