吴医生被押回了派出所进行突审，由于人赃俱获，这个潜伏特务没有做什么抵抗就全部交代了事情的原委。
在鱼尾岛被解放之前，这里就是国民党军统的一个训练基地，但是在这个表象之下，它还有一个秘密的功能。早在抗战胜利之初，国民党反动派为了发动内战的需要，在鱼尾岛建立了一个战略军火仓库。经过仔细的勘察，他们选定了乱石滩的这个废弃的矿坑。经过改造将它建成一个秘密仓库。
为了隐蔽起见，工兵将它的出口开凿在海岸边的崖壁底下，通道从里到外倾斜向下，而把其他的出入口全部封死。这样在日常大多数时间洞口都被海水淹没，只有在退潮的时候洞口才暴露出来。工兵利用军队军事演习的时候施工操作，行动诡秘，所以岛上的普通百姓没有人知道这个仓库的存在。
仓库建成以后，在里面储备了大量的轻重武器和弹药，以及炸药和引信。由于国民党军队在大陆节节败退，国民党军统已经开始在各地安插潜伏人员。吴医生和荷花就是在这个时候被安排到鱼尾岛以开诊所的名义潜伏待命。吴医生是个老牌子军统特务，精通医术。至于荷花正像他告诉郝鸣岐的那样，曾经加入国军参加过抗战，抗战胜利以后复员在家行医。
后来军统发展潜伏人员，看中了荷花的从军经历。在威逼利诱下荷花屈服于压力违心地加入了军统，成为一个潜伏特务，并且和吴医生以父女相称被派遣到鱼尾岛潜伏。目的就是看守军火库，和大陆的上级保持联系，在必要的时候启用军火库为大陆的潜伏特务提供武器支援。
鱼尾岛解放前夕，尽管守岛的国民党部队做垂死挣扎，但是在解放大军的强大攻势之下。国防部高层已经意识到了鱼尾岛行将不保。就是在这样的背景下，蒋经国来到鱼尾岛视察。表面上是为守岛部队加油打气，实际上是在为放弃鱼尾岛之后做准备。在他的精心安排下将鱼尾岛变成一个为潜伏人员提供武器的基地。
这个时候就需要一个有当地背景的潜伏人员，以方便来往鱼尾岛和大陆之间。此时的军统早已改组成国防部保密局，他们已经在军队中物色好了一个合适的人选，他就是郑阿福。因为郑阿福是本地人早年从军在外，亲朋好友已经疏远，父亲早亡母亲眼瞎。即便是他本人不愿意做潜伏特务，也可以找人代替他。
经过和郑阿福的接触，保密局特务发现这个郑阿福不光没有加入特务机构的意愿，本人也不是个做特务的材料。就另辟蹊径在特务行动团体黑鲨团里选择了一个和郑阿福外貌相似的特务冒充郑阿福，回到了鱼尾岛阿福母亲在家里，名正言顺的潜伏下来充当吴医生的交通员。而真正的郑阿福已经被特务灭口杀害。
鱼尾岛解放之后，吴医生很快和大陆的潜伏上级取得了联系，并且根据上级的指令指派假郑阿福从军火库中取出武器和炸药秘密送往大陆，支援潜伏特务的破坏行动。
说到假郑阿福的死，主要是他咎由自取。这个家伙在特务行动机构的时候就养成了一身匪气，可是作为潜伏人员又要求他行事低调。以郑阿福的名义潜伏到鱼尾岛之后觊觎荷花的美貌，它原形毕露，经常到诊所挑逗引诱荷花。但是荷花并不为所动，只是虚与委蛇敷衍应付。可是他的这种行为却引起了吴医生的醋意，因为吴医生也将荷花视为自己的囊中之物。两人为此发生了龃龉，矛盾日益加深。
培训班进驻鱼尾岛之后，假郑阿福感到了恐惧和压力，以为公安部门已经觉察到了他们的秘密。在执行吴医生下达的任务的时候经常推三阻四，甚至拒不执行。这引起了吴医生的愤怒，以上级的口气对他进行斥责和警告。
假郑阿福两头受气，多年养成的土匪习气终于爆发，在吴医生面前扬言说：“此处不养爷，自有养爷处，处处不养爷，爷去投八路！”这些话刺激了吴医生，他担心这个家伙真的反水会给整个情报网带来灭顶之灾。于是顿生杀意。
吴医生经过筹划，假意主动要和郑阿福一起执行任务，在一次运输任务返回的途中，吴医生趁其不备，用铁棍从背后偷袭假郑阿福，将其打死。为了掩盖郑假阿福的身份，吴医生还用刀将假郑阿福手臂上的刺青划乱，然后抛入海中。
吴医生上岸之后，把郑阿福的船推入海中任其漂流。他没想到的是这条船很快被找回，船底遗留的划痕和船帮上刮下的防腐油已经露出了蛛丝马迹。
郝鸣岐利用自己的意外受伤去诊所探听消息，虽然没有露出马脚，但是也让吴医生高度紧张。他两次去大陆和上级商讨善后事宜，上级认为假郑阿福已死，短时间内无法找人替代。加上已经引起公安的警惕，鱼尾岛上的军火仓库实际上已经失去意义，与其留给共产党不如将其炸毁。吴医生回岛之后准备炸毁军火仓库，然后带着荷花一起撤离。
荷花就是得到了准备炸毁军火库的消息，才有了和郝鸣岐的那一场生死诀别。至于荷花是否在交往的过程当中已经发现了郝鸣岐的真实身份，随着她的死已经成了永远的秘密。她为什么要在生死关头保护郝鸣岐，只能解释为真情流露！
又破获了一个惊天大案，不光摧毁了由国防部保密局精心构筑的潜伏特务网，还缴获了大量的武器弹药。整个培训班喜气洋洋，鱼尾岛上的群众奔走相告。唯一陷入痛苦的是郑阿福的母亲，她已经得知假郑阿福的真实身份，而自己的亲生儿子早已遇害身亡。
在处理善后的时候，郝鸣岐坚持要把荷花的遗体安葬在那片开满野花的山坡上。而被俘的吴医生已经交给大陆的警方去指认他的上级。