从内心来讲，虽然张勋不是北洋嫡系，但是此刻的袁世凯还是想保一保张勋的。但是，在全国上下对张勋骂声一片的情况下，袁世凯又不敢做的太明显。于是，他命令郑汝成把守上海通往苏州的各条要道，阻止东北军进攻南京，打出的旗号是防止国民党叛匪逃出上海；同时，又命令杨德丰紧逼上海市区，向陶成章部进行战略威慑；袁世凯还命令刘冠雄率领海军游弋与南京江面之上，一方面是保护张勋部渡江回徐州，一方面是防止徐天宝的十二艘军舰趁张勋渡江之际偷袭。最后，袁世凯还拿出大总统的架子，发布通电，宣布参与烧杀的乱兵已经被张勋军法处置了，所谓张勋复辟叛乱一事，已经查清，各部兵马不许轻举妄动。

面对袁世凯的出招，已经通电全国，要讨伐张勋的徐天宝已经是箭在弦上不得不发了。于是所谓你有张良计，我有过墙梯。你用大总统的名义来压人，那我也有厉害的后招。

就在袁世凯发布通电后的几小时，有一件政治秘密，除了极少数袁的亲信外，是很少有人知道的。原来袁在对南方用兵前，就决定要逐步进行“废省改道”的计划。这个计划是废除省一级，而以省以下的道（一省可以分为几个道）为地方行政的最高单位。道设道尹管理民政，又设镇守使管理军政。这个计划准备先在几个省区实行，然后全面推广，达到全国废省改道的目的。为什么他要决定这样一个缩小行政区域的计划呢？他是为了避免藩镇之祸。他在用兵初期，就不露声色地进行这个计划，他任命李纯为江西护军使、王占元为湖南护军使、张勋为江北镇抚使、倪嗣冲为皖北镇守使、龙济光为广东镇守使。这一连串的人事命令中没有一个都督名义，他初意在这些地区都不设立都督。此外黑龙江只有护军使朱庆澜，后来贵州都督唐继尧调任云南都督后，也只提升刘显世为贵州护军使而不给以都督名义，福建都督刘冠雄调任海军总长后，就派李厚基以镇守使名义统率该省军队，这三省不设都督，就是先废都督以达到第二步废省设道的目的。

可是，袁这个计划对北洋系军人来说，是遭受到彻底反对的。他们过去“只知有袁宫保，而不知有大清朝”，后来“只知有袁大总统，而不知有民国”，他们所以如此，是为了“水涨船高”，“大哥做皇帝，把弟是一字并肩王”，袁利用他们打天下，他们则利用袁作为个人取得功名富贵的桥梁。

在对南方用兵开始时，就有人劝袁对废省废督问题不应操之过急，因为可能影响到前方将领的士气。袁自然更懂得这个道理。待到南方军事胜利后，又有人劝他不能执行这个计划，因为统一的局面还不够稳定，如果使到北洋军将领情绪低落，岂不是给了国民党重振旗鼓的大好机会，因为这一个做法是降低北洋军人的地位和削减他们权力，在天下未彻底稳定以前，是需要从长计议的。

但是，这样的机密还是泄漏了，并迅速地传到北洋系军人耳中，他们开始对他们的“老头子”不满了，于是大家都抓紧了自己的军队，并且在大圈圈中（北洋系）制造小圈圈（后来的安福系、奉系、直系、皖系等等）。凡是牵涉到有关利害权位问题时，他们对袁并不完全服从，同时采取强硬的态度。

袁在赣宁之役战胜国民党后，表面上他是统一了中国，军事力量由北方达到了南方，可是也就是从此开始，北洋军系已不是可以称心如意，由他摆布。他在外形上好像是威望提高了，其实他的控制力却相对地减弱了。

这个消息的披露弄得袁世凯十分狼狈，他下令严查泄密事件，结果当然是一无所获。袁世凯盛怒之下，把有可能泄密的十多个文书统统秘密枪毙了。

与此同时，袁世凯发给郑汝成、杨德丰等人的电报也在第一时间被徐天宝安插在北京的情报人员截获。总参谋部立刻决定采取对付沙俄军情报欺骗的方式，复制北洋的军用电台频率，随后一连发出多封电报。一方面以袁世凯的口气一会儿命令郑汝成和杨德丰立刻开拔去南京，一会儿又命令他原定驻防提防东北军。一时间，弄得郑、杨二人丈二和尚摸不着头脑，麾下士兵们也是牢骚满腹。另一方面，又模仿郑、杨二人的口气发电报给袁世凯表示难以执行命令。

这一下又把袁世凯弄得云里雾里，他们这个时代的人哪里懂得什么叫电子干扰？只是疑心肯定是发电报的人里面也有东北军的细作。于是，又是一番大面积的排查，再排查出细作之前，袁世凯命令段祺瑞亲自监督发电报的过程，每一个电报员背后都站着一个扛着枪的大兵。

被弄得莫名其妙的郑汝成和杨德丰二人不敢轻易行动，于是东北军顺利兵出上海，直扑南京而来。