还没等关注此事的人从这件事情中回过味来，次日，御史李植列数冯宝十二大罪状，矛头直指冯宝。

万历皇帝当即通过内阁下诏，降司礼监掌印太监兼提督东厂冯宝为奉御，即刻发往南京安置，永不得入京。

接着又起一诏，谕锦衣卫掌卫事、左都督刘守有，即刻点齐本卫人马，分于玄武门、午门、东华门、西华门各门换防，无朕旨意，宫中任何人等不得进出。

笔墨未干，又连下数诏。

谕彰武伯、总督京营戎政大臣杨炳，赐天子剑，严格约束京营各部人马，无朕旨意，任何人不得擅自调动，违者可先斩后奏。

谕都督佥事、神机营副将坐堂官李如松，即刻起率领三千本部人马进城，换防京城九门，余部于正阳门至承天门一带集结，严密监控两旁五府六部各衙门，凡无朕旨意外出之官员，可自行羁押。

谕指挥使、五军营副将坐堂官管达干，严格约束本部人马，无朕旨意，不得擅自调动，违者按谋逆论处。

谕指挥使、神枢营副将坐堂官侯之胄，严格约束本部人马，无朕旨意，不得擅自调动，违者按谋逆论处。

然后，又谕令内阁知会京中各衙门，所属人员务必于衙门中恪守职事，禁止外出。

如此，年轻的万历皇帝朱翊钧依靠着锦衣卫和神机营，突然发难，更换了京城九门的守卫和内宫各门的守卫，成功的掌控了京师。

为了不至于引起混乱，安抚京城不知情的百姓，内阁对外宣称这是皇帝陛下在演习“内操”，无需惊慌。

相对于京师得到了安抚的百姓，宫中可以说是乱作一团、人心惶惶。控制了局势的万历皇帝并没有对他的亲生母亲慈圣皇太后怎么样，也没有对抱着朱常洛的王恭妃如何，而是仅仅下了两道简短的圣旨，一道是下旨处死了慈宁宫和景阳宫所有的宫女太监；第二道是按照一个事先拟好的名单抓捕宫女太监，处死的、贬往各地的不计其数。

至本月十八日，仅仅十来天时间，京师已经恢复了往日的平静，大局已定。

万历皇帝采纳御史孙继先的奏请，下旨恢复了之前在张居正当政时上疏谏言而遭罢斥的各大臣官职。

同时，御史江东之弹劾吏部尚书梁梦龙、工部尚书曾省吾、侍郎王篆等因贿赂冯宝、徐爵而得此官职。万历帝当即下旨，罢斥王篆为民，令梁梦龙、曾省吾致仕，召回南京户部尚书杨巍为工部尚书，改命刑部尚书严清为吏部尚书，并批复了判处徐爵、游七等人死罪的奏请。

万历十一年，刚过完元旦没几天，万历皇帝便下诏召回南京兵部尚书潘季驯接任京师刑部尚书。

二月，协理京营戎政贾应元被羁押审问，五月被革职为民。

三月，下诏追夺了张居正的官阶，兵部尚书吴兑因被弹劾依附张居正、贿赂冯宝而被罢免。

七月，左都御史陈炌被科道言官弹劾，遭到罢免。

十月，在张居正死后为了自保而联姻申时行的礼部尚书徐学谟，这最后一个属于“后党”的尚书级大员，再次遭到了科道言官的弹劾。这次吏科给事中邹元标等人弹劾他“勾结张居正、阿附申时行”，此时由于张四维丁忧回家而暂代首辅的申时行为了避嫌，不敢再袒护徐学谟，万历帝令徐学谟致仕。

至此，张居正时代依附他的所有“后党”大员，或被勒令致仕，或被罢斥为民，曾风光十多年的“后党”已不复存在，就连慈圣皇太后也开始专心事佛，轻易不再踏出慈宁宫半步。