在杰克彻底了解内幕之后他开始了暗中蓄积力量，而那些接受改造逃走的人，最终也大都选择了返回“方舟”来接受剩余的改造。杰克早已在方舟内接受了大部分改造，不需要再进行多少的改造他就会完全转化为神嗣，这是他为了放松神嗣们的警惕而做的伪装。

随着薄膜技术成熟，杰克知道，时机成熟了，他遣散了那些研究员以及跟随自己的人们，杰克知道他们需要去其他要塞，在那些要塞执行对抗剩余的失去水分庇护的神嗣的计划。而他则会把赶来接受改造的人全部困在这里，使他们毫无可能逃出方舟。

计划进行的很顺利，杰克成功开启了薄膜，薄膜阻隔了神嗣与他们的圣物“海洋之心”和外界的联系。而后再一次海洋衰退，留下了无垠的沙漠，也就是李凌云他们现在所见的世界。

而那些跟随杰克的人带着这个故事前往了已经建造完毕的其他要塞，而后人们开启这些要塞的迁徙功能，将已知的全部要塞聚在一起构成了这个世界人类的最后堡垒“利维坦”。在那里他们研究各种新兴科技来应对即将到来的巨变，但是少了远古发掘场的加持，人们的科技发展速度变得极其缓慢。

而那些还停留在方舟之外的神嗣，则彻底隐藏了自己，因为他们被发现就会被彻底杀死，人们不会留情。

而在方舟，发觉这一切的神嗣们，对谋划一切的杰克进行了无休止的近乎折磨般的改造，他们消去了他的声音，更改了他的样貌，使他成为了口不能言，体不能动的怪异肉瘤。并且还给了他无穷的生命，他们要让他受尽折磨，使他每天都活在无穷的痛苦之中。但是杰克不后悔，他认为这一切都是为自己赎罪，因为没有察觉到神嗣真正目的而犯下的罪。

只是身处地牢深处那长年的黑暗与孤独使得他渐渐忘了自己是谁，他多想再晒一次炽热的阳光，吹一吹和煦的海风啊。而在这些日子中，他的牢房附近被建立了一个带着吊灯的古怪玻璃房，而这也是神嗣们更加恶意的复仇。

为了使杰克继续遭受折磨，那些神嗣使用了被他们封禁的改造技术，这种技术的成功率虽远不及逐步改造来得高，但胜在见效快，而且副作用大。他们就是要让杰克看着他为之付出一切的人类被折磨，摧残的景象，让他永远记得自己的身份和名字，把痛苦烙印在他的灵魂中。

虽然方舟内部的神嗣们出不去，但他们可以通过他们的“父神”联系外部。外界早已遗忘方舟发生的一切，他们中的某些人类成立了公司来寻找方舟挖掘场的遗迹，企图用远古科技壮大自身。而混入其中的神嗣们带领着公司得到了神嗣的改造技术，他们将所有中层以上的管理层全部转化为同伴。

也就是说，公司除了最底层的雇员，一旦他们升职，那么他们将获得名为馈赠实为改造的奖励。而后公司发布悬赏令，欺骗那些渴望探寻宝物，以及想要征服沙海，想要了解方舟真相的无畏的冒险者。他们将这些无畏的冒险者们拉入玻璃房中改造，这一切痛苦的过程全部在杰克的眼前进行的，而后他的“狱友”也逐渐增多。

神嗣本意是想让这些人们带着“海洋之心”离开方舟，因为一旦它离开薄膜，那么它的力量将再次回归世界，到时世界将被海洋再次填满，而神嗣也将会卷土重来。但是这些人在触碰“海洋之心”的时候，无一不被它强大的本源之力以及“父神”的力量所吸引和吞噬。为此，他们想尽办法，却终不奏效，直到雇员头子看到了面对角鲸和死亡蠕虫都能存活的李凌云他们的这艘独特的飞艇，这个计划终于再一次被实施了。

虽然长久的岁月人们对探寻传说中的“海洋之心”的欲望已经逐渐消减，但仍不乏有渴望探险或者走投无路的亡命徒想要一夜暴富。再加上公司偶尔推出的那些暴富的典型例子，都推动着出海的热度的高涨。

并且神嗣们有的是时间，他们也花费巨量人力物力以及时间来找寻并接触和监视那些沉睡的碎片，希望有朝一日它们复苏到时候能够卷土重来。

当杰克周围的地牢日渐被扭曲怪异的人们填满后，似乎是被人遗忘了，已经很久没有人在踏足过方舟了，在此期间杰克他们用只有他们能听懂的语言和这些被转化后的冒险者交谈着他们再也不可能见到的方舟之外的世界。

直到这一天，李凌云他们的到来，他本以为这群年轻人也要在那个玻璃房内被改造，他又可以听取新的故事了。但看到少年拼尽全力拯救众人的模样，那一刻的他又再次想起了自己的一切，他的名字，他的经历，他的故事。看着他们离开玻璃房，杰克的内心再也难掩激动之情，他不住的颤抖，他多想此刻的他能够开口叫住那个少年。

看着不断远去的雇员，此时激动的心情也变得有些失落了，这种模样的他，绝对没有正常人类能注意到自己，他们只会当他是怪物而想要迅速的弃他远去吧。

谁会听一个肉瘤的颤抖呢，谁又能听懂一个肉瘤的话呢？所有人对会恐惧这非人的怪物吧。但他还是不断抖动自己的身体，引得束缚他的锁链哗哗作响，他多想再次大声讲出来那句话，那让他自豪的一句话。

看着那个少年被少女夹着离开玻璃房，他终于是安静了下去，没人能理解，他和他周围的所有人，他们不是怪物，他们是人类的开拓者，他们克服了无数的风沙，战胜了拦路的巨物，最后却只因走错一步就落得这万劫不复的境地，他多想为他们呐喊。

直到那个傻子一般的少年出现在他的牢房前，对着那被神嗣特殊强化得牢门使出浑身解数，就想见他一面，可是又有什么用呢，此时的他们已经伤亡惨重，想要破开这个可悲得牢门，根本是无稽之谈。

当然他也看到少女眼中那对少年藏不住的爱意，以及少年绝对会无视少女这份感情的细节，是什么导致了这种局面，他也想知道。

但是最后牢门终于是被打开了，随着少年伸出自己布满鱼鳞的右手触碰它，他终于可以借助少年开口说话了，而第一句话，就是他在心中酝酿许久的那一句。

“我们是人类啊！”