公元49年，南燕皇帝慕容德去世，慕容德没有子嗣，其侄慕容超继位。慕容超，是慕容德同母兄慕容纳之子，慕容德参加淝水之战前，留下慕容家族人手一把的金刀给家里。因慕容垂反叛，慕容纳和慕容德的诸子全部被诛杀。只有其母公孙氏因年老以及慕容纳的妻子段氏正在怀孕，没被处决，后来母女俩从监狱逃脱生下慕容超。慕容超十岁时，祖母公孙氏去世，临终前把金刀传给慕容超。慕容超成人后，一路颠簸，带着金刀去投奔慕容德。慕容德当了皇帝，但母亲和妻子还在后秦姚兴那里，爱好艺术的姚兴开价：用苻坚留下音乐或者东晋一千居民便可交换。慕容德决定用音乐交换，终于家人团聚，但慕容德也有一颗热爱艺术的心，东晋在谢安的带领下，艺术各门类尤其是音乐方面突飞猛进，于是慕容的打算去淮北劫掠一番，从俘虏中精选两千五百人成立南燕皇家乐团。

武人出身的刘裕对于这种靡靡之音深恶痛绝，劫掠的地区恰恰是自己都督的地区，不仅进行反抗对不起北府武人的招牌。三月，刘裕上表请求北伐南燕。四月，刘裕从建康出发，一个月后沿水路到达下邳（今江苏省徐州睢宁县西北附近。刘裕没有像桓温一样继续走水路，而是留下舰船、辎重，沿陆路行进到琅琊（今山东省临沂市附近，为防南燕骚扰后方，刘裕所过之处皆筑城垒，留兵防守。刘裕多虑了，慕容超觉得自己掌控五州之地，数万骑兵，拒绝坚壁清野与刘裕干耗的策略，决定与刘裕正面决战。六月，刘裕未遇抵抗，通过莒县（今山东省日照市附近，翻越大岘山（今山东潍坊临朐县东南抵达东莞（今山东省临沂沂水县附近。慕容超的前锋坐拥步骑兵五万驻守临朐，后亲率步骑四万前来支援。燕军至临朐，慕容超派将领驻守临朐城南的巨蔑水（山东省潍坊临朐县沂山西麓，与刘裕军前锋孟龙符遭遇，南燕军战败退走。面对南燕铁骑，刘裕以战车四千辆分左右翼，兵、车相间，骑兵在后，向前推进，与慕容超所派精骑决战，激战之际，刘裕采纳参军胡藩之策，派兵绕至南燕军后，乘虚攻克临朐城，又纵兵追击单骑逃脱的慕容超，大败南燕军，斩南燕十余将。慕容超逃还广固（今山东省潍坊青州市西北附近。刘裕乘胜追击北上，攻克广固外城，慕容超退守内城。

慕容超被围于广固内城，派人向后秦求援。七月，后秦姚兴派将领率步骑兵一万，与洛阳守将汇合，计划支援南燕，同时姚兴派使者向刘裕示威，声称后秦以十万兵屯洛阳，如果刘裕不撤兵就进攻刘裕后方。刘裕早先强要姚兴十二郡，当时姚兴已被刘勃勃弄的焦头烂额，这次如果姚兴有心支援，完全没必要事先告知刘裕，于是刘裕打发走姚兴的使者，继续围攻广固。

公元41年二月，南燕尚书悦寿打开城门投降，刘裕军攻入广固内城，慕容超出城逃窜被追获，南燕灭亡。入城后，刘裕尽杀慕容氏王公以下三千余人，慕容超被押送回建康在街头斩首。另一边，卢循开始作乱了。

作为孙恩的残余势力，卢循向南割据广州，由于时局未稳，刘裕任命卢循为广州刺史。趁着刘裕在外讨伐南燕，公元41年二月，卢循在姐夫徐道覆的鼓动下起兵。卢循从始兴（今广东省韶关市东附近出发进犯长沙，徐道覆则顺赣江直下，攻占南康（今江西省赣州市西南附近、庐陵（江西省吉安万安县附近、豫章（今江西省南昌市东附近等郡。东晋朝廷急征刘裕回来救火。三月，江州刺史何无忌与徐道覆大战于豫章，兵败身死，东晋举朝震骇，甚至有带着司马德宗向北投奔刘裕的想法，随后得知卢循并未进逼建康才安定下来。刘裕用舰船运输辎重，自己率领精兵加速回防建康。三月刘裕抵临京口，朝廷里的人这才安定下来。

此前刘毅觉得自己独自平定西府，剿灭桓玄残余势力，迎回司马德宗，功劳一点不比刘裕小。无奈卢循功来时身体不行，没有率兵征战前线，刘裕回来后，自己病好了，打算亲自带队讨伐卢循。刘裕劝刘毅合兵一起攻击，但刘毅不听，于是带领两万人出发讨伐卢循。此时，徐道覆刚刚在长沙击败荆州刺史刘道规，听说刘毅前来，便与卢循会合抵御。

五月，刘毅与卢循在桑落洲（今江西省九江市东北长江中小岛决战，刘毅大败，全军覆没，卢循乘胜继续东下。手中部曲打光，刘毅再无与刘裕叫板的实力。此时，刘裕的大部队还没返回建康，健康城内兵力不过数千人，面对拥有十余万人的卢循大军显得实力悬殊。换做其他“名士”主政，不是逃跑就是投降，然而武人刘裕选择硬抗。当然朝廷里不乏劝逃的人，甚至一同起兵的诸葛长民与孟昶都建议带着司马德宗去广陵躲避，都被刘裕否决，孟昶服毒自尽。

随后，刘裕亲自驻扎在石头城，用木栅阻断通往建康城的各个河口，来阻拦卢循的舰船。卢循军到建康附近后不敢冒险，没有对建康城南的新亭（今江苏省南京市西南附近发起进攻，而是退回蔡洲（今江苏省南京市西南长江中小岛西岸。刘裕抓住机会，一面修筑堡垒，屯兵戍守，一面让南燕投降过来的千余铁骑自淮北向新亭进发。

刘裕毕竟兵员不足，面对卢循只能死守，能死守住便是成功。卢循尝试发动几次进攻，都被刘裕击退，劫掠建康周边几个县城，什么也没抢到，于是决定从蔡洲退回寻阳。

卢循退去，刘裕在建康开始大规模修建战船，建设水军。派遣孙处、沈田子率三千兵众，从海路绕道番禺，约定十二月初一一同进攻，这在当时属于极为超前的作战计划。

另一边谯纵占据的蜀地已经向后秦称藩，听闻卢循起事，便向姚兴请求一同进攻东晋。谯纵派之前归降的桓冲之子桓谦带领两万兵马进攻江陵，后秦姚兴也派兵马与他们会合。刘裕的荆州刺史是他的弟弟刘道规，与建康之间的江州、豫州已被卢循占领，很久没收到朝廷的消息了，荆州各地桓氏残余势力纷纷起事。雍州刺史鲁宗之从襄阳前来支援刘道规，刘道规让鲁宗之驻守江陵，自己带兵出城与桓谦在枝江（今湖北省宜昌枝江县东北附近决战。北府兵相当勇猛，阵中檀道济冲锋在先，桓谦的蜀地兵众溃散，桓谦乘船逃跑被刘道规活捉后斩杀。后秦军得知桓谦被击杀，看到刘道规的部队掉头便逃。刘道规对荆州桓氏旧部既往不咎，焚烧向桓谦透漏消息的书信，荆州各地的纷乱逐渐被平息，人心渐渐向刘道规处聚拢，但是卢循的大部队来了，徐道覆率领三万部众进逼江陵。此时鲁宗之的部队返回襄阳，刘裕率大军从建康出发。刘道规的部众在豫章口（今湖北省荆州市附近抵御徐道覆大军，虽然前锋失利，但分兵前往侧翼进攻的刘遵却击溃徐道覆大军，杀死一万余人，其余跳水淹死，徐道覆乘坐小船逃回湓口（今江西省九江市龙开河入江之口。

十一月，孙处、沈田子从海路到达番禺，卢循的守军还没反应过来番禺即被占领，顺着水路，孙处率军平叛岭南各郡。刘裕大军来到雷池（今安徽省安庆望江县东南，这个曾经庾亮不让温峤迈过一步的地方。十二月初一，卢循、徐道覆率众数万，自长江发起总攻。刘裕派出所有的轻轻型战舰，亲自持幡擂鼓，命众军合力迎击。刘裕的兵士手中有当时的作战神器万钧神弩，能数十发箭同时射出，人手一个神弩相当于万箭齐发。卢循的水师被逼迫停靠在长江西岸，被刘裕提前埋伏在这里的步骑围攻，同时顺风防火。卢循舰船全部焚毁，火势蔓延之下，卢循、徐道覆兵众溃散，卢循等逃回寻阳。

刘裕逆江追击，卢循在左里（今江西省九江都昌县西北附近设栅防守，刘裕军无法前进，于是下令攻栅。卢循用最后的部众与刘裕决战，仍然溃败，卢循乘船逃回番禺，徐道覆则退往老巢始兴。卢循在番禺被孙处击败，继续南逃至交州，再次被击败，只好投水自尽，徐道覆则被追兵捉住后杀死。

事关刘裕存亡的卢循之乱终被平息，朝廷任命刘裕为太尉、中书监位列三公。但对于刘裕有一个非常不好的消息传来，弟弟刘道规病重，只好返回建康养病，不久后病逝。公元412年，刘毅代替刘道规为荆州刺史，同时都督豫州、江州诸军事，其弟刘藩占据兖州，控制长江中上游。刘毅不服刘裕，这也不是一两天的事了。